Génomique structurale de virus et plasmides d'archées hyperthermophiles

par Jenny Keller

Thèse de doctorat en Sciences biologiques

Sous la direction de Herman Van Tilbeurgh.


  • Résumé

    Le monde vivant est actuellement divisé en trois grandes lignées cellulaires : les Bactéries, les Archaea et les Eucaryotes. Les Archaea sont des microorganismes procaryotes qui possèdent à la fois des caractères qui leur sont spécifiques et un mélange de caractères bactériens et eucaryotes. Cependant, il existe actuellement peu d'outils permettant l'étude de ces dernières. En ce sens la caractérisation de leurs éléments extra-chromosomiques (virus et plasmides) s'avère essentielle. De nouveaux virus ayant des formes uniques ont été découverts dans des sources chaudes ayant des températures supérieures à 80°C. La vaste majorité de ces virus infectent des archées hyperthermophiles aérobies tandis qu'un seul virus a été identifié comme infectant les archées hyperthermophiles anaérobies. Cependant, de nombreux plasmides ont été isolés à partir de ces dernières. Plus de 90% des gènes de ces virus et plasmides n'ont pas d'homologues dans les bases de données, suggérant l'existence possible de mécanismes physico-chimiques inconnus pour leurs fonctions biologiques. L'objectif du travail de thèse était d'obtenir des informations sur les protéines et enzymes de ces virus et plasmides parasitant les archées hyperthermophiles. En l'absence de toute information déductible de la séquence des gènes, l’approche structurale permet de fournir des hypothèses fonctionnelles de départ en vue d'élucider la biologie de ces éléments. Cette information sera aussi essentielle pour établir des relations évolutives parmi ces familles ou d'autres familles virales. Un autre aspect crucial de ce projet est de déterminer si ces protéomes orphelins sont riches en repliements protéiques originaux.

  • Titre traduit

    Structural genomics of viruses and plasmids from hyperthermophilic archaea


  • Résumé

    The living world is divided into three cellular lineages: Bacteria, Archaea and Eukaryotes. Archaea are procaryotic micro-organisms which possess specific characters and a mixture of bacterial and eukaryotic characters. Reversed genetic tools have not been extensively developed for these organisms and therefore the characterization of their extra-chromosomal elements (viruses and plasmids) is fundamental. New viruses having unique forms were discovered in hot springs having temperatures above 80°C. The vast majority of these viruses infect aerobic hyperthermophilic archaea whereas a single virus was identified as infecting anaerobic hyperthermophilic archaea. However, numerous plasmids were isolated from the latter. 90% of the genes encoded by these viruses and plasmids have no homologues in sequence databases suggesting unknown mechanisms for their biological functions. The objective of this thesis was to obtain information on proteins and enzymes of viruses and plasmids from hyperthermophilic archaea. In the absence of any information deductible from the sequence, protein structure may provide functional information, crucial for the understanding of the biological mechanisms of the organisms. This information will also be essential to establish evolutionary relations among viral families. Another crucial aspect of this project is to determine if these orphan proteomes are enriched in original protein folds.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (210 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p.139-148

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 0g ORSAY(2009)32
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