Mise en évidence d'un signal génomique dans les séquences promotrices humaines et son implication dans le positionnement du nucléosome

par Charles Hébert

Thèse de doctorat en Analyse de génomes et modélisation moléculaire

Sous la direction de Hugues Roest Crollius.

Soutenue en 2009

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Genomic signal in human promoters and its involvement in nucleosome positioning


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Les génomes eucaryotes sont compactés sous forme de chromatine dont l'unité fondamentale est le nucléosome. Il a été mis en évidence que le positionnement du nucléosome joue un rôle important pour l'accessibilité de la chromatine et de ce fait, contribue à la régulation de l'expression des gènes. Cependant, la dynamique du remodelage de la chromatine et les mécanismes de positionnement clés nucléosomes sur les régions promotrices des gènes sont peu connus. Deux modèles s'opposent dans la littérature depuis une dizaine d'années : l'existence d'un code génomique (le squelette phospho-diester de TADN jouant un rôle clef dans la reconnaissance entre ADN et nucléosome) et un modèle physique (orientation des sillons de l'ADN et des queues des histones). Ces deux modèles peuvent expliquer la capacité de l'ADN à s'enrouler autour du nucléosome. Cette thèse fournit une analyse d'une collection de séquences promotrices humaines obtenues expérimentalement à partir de la position précise de leur site d'initiation de la transcription (TSS). Des méthodes d'analyse du signal appliquées aux compositions nucléotidiques de ces séquences révèlent une oscillation de période de 10 paires de bases. Cette oscillation, composée de dinucléotides constitués de purines, est positionnée après le TSS et colocalise précisément avec la position des nucléosomes. Cela suggère que cette périodicité jouerait un rôle de guide rotationnel. Ce guide pourrait ainsi exposer la queue des histones à la machinerie transcriptionnelle et notamment la polymérase II. D'autre part, ce travail démontre une corrélation entre cette périodicité et la haute spécificité tissulaire des gènes.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (180 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 198 Réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2009) 135
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