Etude structurale et fonctionnelle de protéines susceptibles d'être impliquées dans la régulation de la transcription chez les virus d'archées hyperthermophiles

par Florence Guillière

Thèse de doctorat en Biophysique moléculaire

Sous la direction de Muriel Delepierre et de Iñaki Guijarro.

Soutenue en 2009

à Paris 7 .


  • Résumé

    Les archées hyperthermophiles vivant dans des sources chaudes (> 80°C) sont infectées par des virus à morphotypes uniques, très variés et différant des bactériophages ou des virus d'eucaryotes. Notre intérêt s'est porté sur deux protéines issues de ces virus et susceptibles d'être impliquées dans la régulation de la transcription, processus important dans les relations hôte-virus et relativement peu connu chez les archées et leurs virus. Nous avons déterminé leur structure et leur dynamique par RMN. La première protéine étudiée, nommée SvtR, provient du virus SIRV1, virus infectant les archées du genre Sulfolobus. Elle présente une structure dimérique avec une extrémité N-terminale désordonnée et un motif RHH (ruban-hélice-tour-hélice) typique de régulateurs transcriptionnels bactériens. Nous avons caractérisé par RMN, fluorescence et ultracentrifugation analytique son interaction avec ses ADN cibles identifiés sur le génome de SIRV1. Nous avons établi que la protéine utilise la face du feuillet |3 pour cette interaction et qu'elle se lie à l'ADN par paires de dimères. Son activité de répresseur transcriptionnel a été mise en évidence dans des expériences de transcription in vitro. La deuxième protéine étudiée est la protéine p06 du virus AFV1, infectant les archées du genre Acidianus. Cette protéine monomérique lie le zinc. Elle présente des extrémités N- et C-terminales désordonnées et une région structurée constituée d'un feuillet β antiparallèle à trois brins, d'une hélice α et d'une hélice 3₁₀. La protéine p06 montre un repliement inédit qui contient un motif structural de type doigt de zinc C2H2 typique de facteurs de transcription eucaryotes.

  • Titre traduit

    Structural and functional studies of putative transcription regulators from hyperthermophilic archaeal viruses


  • Résumé

    Hyperthermophilic archaea that shrive in hot springs (> 80°C) are infected by viruses that show unique and diverse morphotypes and that highly differ from bacteriophages and eukaryal viruses. We have characterized two proteins from archaeal viruses that were likely to be involved in transcription regulation, which is an important phenomenon in virus-host interactions and is relatively poorly studied in archaea and their viruses. We determined their solution structure and characterized their dynamics by NMR. The first protein is named SvtR and belongs to virus SIRV1, which infects archaea from the Sulfolobus genus. SvtR shows a dimeric structure with a disordered N-terminal region and a RHH (ribbon-helix-turn-helix) fold typical of bacterial transcription regulators We have characterized by NMR, fluorescence and analytical ultracentrifugation its interaction with its DNA targets identified on the genome of SIRV1. We showed that the protein uses its |3 sheet face for the interaction and binds DNA as pairs of dimers. The protein functions as a transcription repressor in in vitro transcription assays. The second protein is from the Acidianus genus archaeal virus AFV1. The protein, called p06, is monomeric and binds zinc. It displays disordered N- and C-terminal ends and a structured domain which consists of an antiparallel three-strand β sheet, an α helix and a 3₁₀ helix. The protein shows a novel fold that contains a classical C2H2 zinc finger motif typical of eukaryal transcription factors.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (196 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 199 Réf.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2009) 118
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 8553
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