Molecular modeling studies of HIV-1 reverse transcriptase and some of its inhibitors

par Rongjing Hu

Thèse de doctorat en Chimie informatique et théorique

Sous la direction de Michel Delamar et de Ruisheng Zhang.

Soutenue en 2009

à Paris 7 .


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  • Résumé

    Ce travail est consacré à la modélisation des interactions entre la transcriptase inverse du HIV-1 et quelques-uns de ses inhibiteurs. Dans un premier temps, les méthodes de corrélation structure-activité (QSAR 2D) sont comparées et permettent de sélectionner les méthodes non linéaires comme SVM ou PPR. Le docking moléculaire est ensuite employé pour préciser la conformation des inhibiteurs en interaction avec leur récepteur. Ceci permet de réaliser des études QSAR 3D qui tiennent compte de la véritable conformation des inhibiteurs en interaction avec la protéine. Ces études permettent de préciser les facteurs structuraux et chimiques (position, taille, hydrophobicité des substituants, liaisons H,. . ) favorables à l'activité. La dynamique moléculaire permet quant à elle de préciser les types d'interaction (Van der Waals, électrostatiques, liaisons H,. . . ) protéine-inhibiteur et de calculer les énergies d'interaction. On montre que ces dernières sont corrélées à l'activité.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (263 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 319 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2009) 050
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