Phylogénie, espèces et populations bactériennes : Séquençage de gènes ubiquistes chez les Enterobacteriaceae et Bifidobacterium

par Alexis Delétoile

Thèse de doctorat en Microbiologie et virologie

Sous la direction de Sylvain Brisse.

Soutenue en 2009

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Phylogeny, species and bacterial population : sequencing of universally conserved-genes in the Enterobacteriaceae and Bifidobacterium


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  • Résumé

    La diversité phylogénétique bactérienne est d'une richesse considérable, tant en nombre d'espèces que par la diversité clonale en leur sein. La connaissance de cette biodiversité est nécessaire pour comprendre l'évolution des propriétés biologiques, les mécanismes de spéciation et pour le suivi épidémiologique. L'emploi de gènes multiples codant pour des protéines apporte une précision phylogénétique nettement supérieure à l'ARN 16S et minimise les distorsions causées par la recombinaison. Les objectifs de cette thèse étaient d'appliquer le séquençage de gènes de ménage multiples à large échelle en utilisant des gènes universellement conservés, de déterminer le pouvoir résolutif de cette approche à différents niveaux phylogénétiques (de la famille au clone) et d'étudier la diversité et l'évolution de deux groupes importants. La famille des Enterobacteriaceae a été choisie en raison de sa grande diversité écologique et de son importance médicale et agronomique. Une phylogénie précise et robuste (171 taxa, 6 gènes) a permis de retracer l'histoire de sa diversification écologique. Le genre Bifidobacterium comprend des espèces importantes de la flore intestinale et dans l'industrie agroalimentaire. Le séquençage de sept gènes des quatre espèces B. Animalis, B. Bifidum, B. Brève et B. Longum (130 souches) a permis de préciser leurs frontières phylogénétiques. Chez ces deux groupes, la recombinaison homologue inter-espèces est rare, mais peut perturber la phylogénie de gènes individuels. L'emploi du même jeu de gène a permis de déterminer la diversité clonale des espèces d'enterobactéries Pantoea agglomerans, Plesiomonas shigelloides et Enterobacter cloacae et des quatre espèces de Bifidobacterium. Ce travail démontre l'efficacité de l'utilisation de gènes ubiquistes à la fois pour la phylogénie, la délimitation des espèces, la génétique des populations et le typage épidémiologique.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (237 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 215 réf.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2009) 047
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