Développement d'une nouvelle méthode performante de classification des surfaces protéiques d'interaction : optimisations et extensions du logiciel MED-SuMo

par Olivia Doppelt-Azeroual

Thèse de doctorat en Analyse de génomes et modélisation moléculaire

Sous la direction de Alexandre De Brevern.

Soutenue en 2009

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Implementation of a new Fast and Automated Functional protein surface classification protocol : optimizations and extensions of MED-SuMo software


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  • Résumé

    L'étude d'une structure de protéine issue d'un gène de fonction inconnue est une manière d'appréhender les mécanismes biochimiques dans lesquels elle est impliquée. L'amélioration des méthodes de résolution des structures de macromolécules a contribué à l'augmentation quadratique du nombre de structures disponibles. La fonction d'une protéine se définit par ces interactions avec des partenaires spécifiques qui sont la base des mécanismes biologiques majeurs. La détection et la comparaison de surfaces d'interaction sont ainsi des étapes essentielles pour annoter fonctionnellement les protéines, et surtout dans le cadre de l'élaboration de nouveaux médicaments. Le logiciel SuMo et son produit dérivé à vocation industrielle MED-SuMo représentent une des premières approches utilisant la position relative des groupements chimiques fonctionnels élémentaires disponibles à la surface des protéines, pour comparer les surfaces d'interaction. Mon travail de thèse a été basé sur trois points: (1) Optimisation du logiciel MED-SuMo et mise en évidence de son intérêt pour l'annotation fonctionnelle de protéines hypothétiques aux travers de deux applications (protéines TM1012 et YBL036C). (2) Développement et implémentation d'une nouvelle méthode de classification des surfaces d'interaction des protéines: MED-SMA. Deux applications ont été réalisées et pour chacune d'elle, MED- SMA rassemble dans les mêmes groupes des sites détectés pour fixer des types équivalents'de molécules. (3) Participation au développement d'une nouvelle méthode de conception de molécules actives de novocombinant la détection MED-SuMo de similitudes locales des surfaces des protéines avec une approche fragmentale.

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La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (186 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 201 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2009) 041
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