Molecular modeling of non-bonding interactions in biomolecules-ligand systems

par Aixiao Li

Thèse de doctorat en Chimie informatique et théorique

Sous la direction de Michel Delamar.

Soutenue en 2009

à Paris 7 .


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  • Résumé

    Ce travail est consacré à la modélisation des interactions entre des inhibiteurs et des molécules impliquées dans la cancérisation, dans le but notamment d'établir de manière précise les modes d'interaction biomolécules-ligand. Dans la famille des CDK (cyclin dépendant kinases) nous nous sommes intéressés à la sélectivité que présente un nouvel inhibiteur (2PU) vis-à-vis de CDK4 par rapport à CDK2. Les méthodes employées : dynamique moléculaire, calculs d'énergies d'interaction, docking et méthodes mixtes du type ONIOM ont permis d'établir les raisons précises de la sélectivité en mettant en évidence des interactions privilégiées (notamment des liaisons H) entre l'inhibiteur et CDK4. Sur le plan méthodologique la méthode ONIOM (à deux ou trois couches) a fait l'objet d'une étude minutieuse et originale quant à la procédure de définition de la partition du système. Une nouvelle approche est proposée. La stabilisation du DNA G-quadruplex par un nouveau ligand (TQMP) a également été étudiée par dynamique moléculaire, ce qui a permis de préciser les modes d'interaction et de démontrer la sélectivité de l'un des deux sites possibles d'interaction.

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La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (241 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 429 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2009) 032
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