Impacts évolutifs de la réplication sur la structure des génomes de levures

par Célia Payen

Thèse de doctorat en Sciences de la vie. Génétique

Sous la direction de Gilles Fischer.

Soutenue en 2009

à Paris 6 .


  • Résumé

    Les études de génomique comparative, de génomique fonctionnelle et de génétique utilisées au cours de ma thèse nous ont permis d’affiner notre compréhension des mécanismes réplicatifs qui participent d’une part à la formation des duplications segmentales et qui sont associés d’autre part à une variation de la composition nucléotidique des génomes. Dans un premier temps, nous avons montré que les évènements de duplications segmentales se produisent à haute fréquence dans le génome de Saccharomyces cerevisiae et résultent d’accidents de la réplication. La sous-unité Pol32 de la polymérase Polδ est requise pour la formation de toutes les duplications segmentales, ceci démontrant que la formation des duplications segmentales résulte de mécanismes réplicatifs et non de crossing-over inégaux entre séquences répétées. La moitié des évènements de duplication résulte d’un mécanisme de type Break-Induced Replication dépendant de la recombinaison homologue. L’autre moitié des événements résulte d’un changement de matrice au cours de la réplication entre séquences de microhomologies ou microsatellites. Nous avons pu ainsi mettre en évidence un nouveau mécanisme appelé MMIR pour Microhomology/Microsatellites-Induced Replication, qui est indépendant des voies connues de réparation des cassures double brins. Nous nous sommes également intéressés à l’origine et aux conséquences fonctionnelles des variations de la composition nucléotidique des génomes. Le séquençage et l’analyse du génome de Lachancea kluyveri a permis de mettre en évidence qu’un bras chromosomique qui correspond à environ 10% du génome présente un contenu en base GC 12. 5% plus élevé que le reste du génome. Nous avons, par des analyses de génomique fonctionnelle, mis en évidence l’existence d’une relation entre réplication et composition nucléotidique des génomes. Nos profils de réplication montrent que ce bras chromosomique présente un délai important de sa réplication par rapport au reste du génome, ce délai est spécifiquement associé à la richesse en GC de ce bras chromosomique. Ces résultats montrent que la réplication joue un rôle important dans la formation de réarrangements chromosomiques tels que les duplications segmentales, mais pourrait également participer à la modification du contenu en GC des génomes.

  • Titre traduit

    Impacts of the replication on the structure of yeast genomes


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Informations

  • Détails : 1 vol. ([245] p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 88-110. 287 réf. bibliogr.

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
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  • Cote : T Paris 6 2009 94
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