Distribution des principaux groupes d’eucaryotes de petite taille en milieu marin et lacustre

par Sylvie Masquelier

Thèse de doctorat en Océanologie biologique. Environnement marins et lacustres

Sous la direction de Daniel Vaulot.

Soutenue en 2009

à Paris 6 .


  • Résumé

    Les communautés microbiennes eucaryotes sont composées d’organismes faisant partie de toutes les lignées de protistes connues à ce jour. Les autotrophes de petite taille peuvent contribuer de façon significative à la biomasse et à la production primaire dans les eaux oligotrophes. Jusqu’à présent, moins de 80 espèces marines et d’eau douce ont été formellement décrites dans la classe de taille picoplanctonique (< 3 µm). Leur distribution et leur contribution à la biomasse chlorophyllienne commencent à être connues pour quelques espèces marines comme le Prasinophyceae Micromonas pusilla. Dans le but de mieux comprendre la diversité et l’écologie de ces petits eucaryotes, j’ai utilisé l’hybridation in situ fluorescente de sondes oligonucleotidiques (18S ARNr) associées à une amplification du signal (FISH-TSA) afin de quantifier des groupes taxinomiques spécifiques dans des échantillons naturels. En particulier, des sondes déjà existantes spécifiques des Chlorophyta et des Haptophyta ont été utilisées afin d’évaluer les distributions de ces deux grands groupes dans différents environnements. En parallèle, des observations en microscopie à épifluorescence sur des échantillons fixés au glutaraldéhyde ont permis de distinguer les organismes autotrophes des hétérotrophes. Différentes milieux marins caractérisés par des statuts trophiques différents ont été étudiés, tels que le Pacifique Sud-Est, la Manche et la Mer du Nord. Des échantillons d’eau douce provenant d’un lac méso-eutrophe au Luxembourg (une année d’échantillonnage) et de trois lacs français (méso-oligotrophe, mésotrophe et eutrophe) ont été également étudiés. La contribution hétérotrophe de la communauté eucaryotique atteignait 75 % de la population picoplanctonique dans les zones oligotrophes du Pacifique Sud-Est et 50 % dans les zones mésotrophes et eutrophes du Pacifique et de Mer du Nord. La contribution des Chlorophyta parmi les eucaryotes autotrophes atteignait son maximum dans la Manche au niveau de la fraction picoplanctonique (jusqu’à 100 %) alors que les Haptophyta avaient une contribution maximale dans la fraction de taille entre 2 µm et 5 µm en Mer du Nord (jusqu’à 100 %). Les Chlorophyta étaient principalement composés de Mamiellales pour la fraction picoplanctonique avec une dominance de l’espèce Micromonas pusilla dans la Manche. Les échantillons d’eau douce ont montré des contributions des Chlorophyta et des Haptophyta généralement plus basses que les échantillons marins et ce quelque soit le statut trophique du lac (de 5 % à 27 % en moyenne pour les Chlorophyta et de 2 % à 9 % pour les Haptophyta en été pour les quatre lacs étudiés). Alors qu’aucune tendance claire n’a pas été mise en évidence pour les Haptophyta, la contribution des Chlorophyta dans la fraction inférieure à 2 µm semble décroître dans les eaux plus eutrophes. L’étude annuelle du lac d’Esch-sur-Sûre (Luxembourg) a montré que la plus importante contribution des Chlorophyta (99 %) et des Haptophyta (9 %) est atteinte pour la fraction supérieure à 5 µm durant la phase d’eau claire et en automne, respectivement. Les banques de clones (18S ARNr) réalisées aux quatre saisons au lac d’Esch-sur-Sûre tendent à confirmer la dominance des eucaryotes hétérotrophes parmi la population picoplanctonique, en particulier les ciliés. En été, les Chlorophyta représentaient 12 % des phylotypes identifiés. Cette étude a confirmé la dominance de la « lignée rouge » dans la fraction supérieure à 5 µm en été quelque soit le milieu considéré. La « lignée verte » dominait la fraction picoplanctonique uniquement en Manche et en Mer du Nord. Cependant, durant la phase d’eau claire dans le lac d’Esch-sur-Sûre, elle dominait également la fraction supérieure à 5 µm.

  • Titre traduit

    Distribution of major groups of small eukaryotes in marine and freshwater environments


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Informations

  • Détails : 1 vol. (VII-[172] f.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 93-104. 250 réf. bibliogr.

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : T Paris 6 2009 79
  • Bibliothèque : Station biologique. Service de documentation scientifique.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : M-040220090001
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