Caractérisation moléculaire de l'écosystème microbien complexe de la crevette cuite et étude des flores d'altération

par Emmanuel Jaffrès

Thèse de doctorat en Physiologie et biologie des organismes

Sous la direction de Xavier Dousset et de Jean-Jacques Joffraud.

Soutenue en 2009

à Nantes .


  • Résumé

    Les crevettes décortiquées cuites sont des denrées considérées comme fragiles d’un point de vue microbiologique, et sensibles au processus d’altération organoleptique provoqué par le développement de certaines bactéries. Dans le but de mieux maîtriser leur conservation, la caractérisation de l’écosystème microbien de ces produits a été réalisée par le biais d’une approche polyphasique, combinant des techniques dites culture-dépendantes, qui permettent l’identification phénotypique et moléculaire d’isolats bactériens, et des méthodes culture-indépendantes avec la  PCR-TTGE et la DHPLC, qui génèrent des empreintes génétiques à partir d’un mélange d’ADN bactérien extrait directement de la matrice crevette. Cette approche a permis de mettre en évidence les principaux genres et espèces de bactéries présents dans la microflore d’altération des crevettes décortiquées cuites. Les bactéries lactiques constituaient le groupe bactérien majoritaire avec les principaux genres : Carnobacterium, Vagococcus, Enterococcus. Au sein du genre Vagococcus, une étude de taxonomie plus approfondie a permis de mettre en évidence la nouvelle espèce Vagococcus penaei. Sp. Nov. Deux autres groupes bactériens importants étaient retrouvés dans cet écosystème : Brochothrix thermosphacta et Serratia liquefaciens-like. Le potentiel d’altération de ces bactéries a été étudié en mettant en œuvre des techniques d’analyse sensorielle et d’analyse des composés volatils produits par ces bactéries, comme la GC-MS. Trois espèces bactériennes se sont révélées les plus actives dans l’altération de ce type de produit : Bt. Thermosphacta, St. Liquefaciens-like et Cb. Maltaromaticum

  • Titre traduit

    Molecular characterization of the complex microbial ecosystem in cooked shrimp and study of the spoilage microbiota


  • Résumé

    Cooked and peeled shrimps are considered as fragile foodstuffs from a microbiological point of view and sensitive to the organoleptic spoilage process induced by the growth of certain  bacteria. For a better control of their shelf life, the microbial ecosystem characterisation of this product was carried out by a polyphasic approach combining culture-dependent methods, which allow the phenotypical and molecular identification of bacterial isolates, and culture-independent methods with the PCR-TTGE and DHPLC techniques which generate genetic fingerprintings from a bacterial DNA mixture directly extracted from cooked shrimps matrix. This approach has allowed to highlight the main bacterial genus and species present in the spoilage microbiota of cooked and peeled shrimps. Lactic acid bacteria was the major group with the main genus: Carnobacterium, Vagococcus, Enterococcus. Within the Vagococus genus, a more detailed taxonomic study allowed to discover the novel species Vagococcus penaei. Sp. Nov. Two other important bacterial groups were found in the shrimp ecosystem: Brochothrix thermosphacta and Serratia liquefaciens-like. The spoilage potential of these bacteria has been investigated by using sensory analysis methods and biochemical techniques to determine the volatile compounds produced by these bacteria, like the gas chromatography coupled to mass spectrometry device. Three species were considered as the most spoiling bacteria in this type of product: Bt. Thermosphacta, St. Liquefaciens-like and Cb. Maltaromaticum.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (199 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 175-199.

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  • Bibliothèque : Université de Nantes. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 2009 NANT 2021
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