Identification par des approches phénotypiques, transcriptomiques et bioinformatiques de gènes clés d'Arabidopsis thaliana impliqués dans l'interaction avec la bactérie bénéfique Phyllobacterium brassicacearum STM196

par Marc Galland

Thèse de doctorat en Physiologie végétale

Sous la direction de Guilhem Desbrosses et de Bruno Touraine.

Soutenue en 2009

à Montpellier 2 .


  • Résumé

    La présence dans la rhizosphère des plantes de "Plant Growth Promoting Rhizobacteria" (PGPR) augmente la croissance de la plante. Cependant, les éléments génétiques de la plante qui sont requis lors de cette interaction bénéfique sont encore largement méconnus. Une meilleure connaissance des voies de signalisations ciblées par une PGPR permettrait d'améliorer l'utilisation des PGPR en agriculture car ils seraient possible de sélectionner des variétés de plante plus sensibles à l'effet bénéfique des PGPR. Au sein du LSTM, l'équipe utilise le modèle biologique formé d'une part par la plante modèle Arabidopsis thaliana et, d'autre part, par la bactérie PGPR Phyllobacterium brassicacearum STM196 découverte au contact des racines du colza. A l'aide d'approches phénotypiques, transcriptomiques et bioinformatiques, nous avons découvert certaines des cibles génétiques de STM196 chez Arabidopsis. L'implication de la protéine à F-box EBF2 dans l'allongement des poils racinaires induit par la bactérie a été mise en évidence. De plus, nous avons identifié un rôle des facteurs de transcription ZAT10 et WRKY46 dans l'accumulation du H202 et dans la répression ed l'activité de la PAL induits par STM196. Enfin, en collaboration avec des bioinformaticiens, nous avons développé un outil en ligne appelé "Virtual Lab Book on Arabidopsis" (base de données et interface Web). A l'avenir, cet outil devrait faciliter l'identification de nouvelles cibles génétiques de STM196 grâce à la méta-analyse de nos expériences

  • Titre traduit

    Identification by phenotypic, transcriptomics and bioinformatics strategies of Arabidopsis thaliana genes targeted by the beneficial bacteria, Phyllobacterium brassicacearum STM196


  • Résumé

    The presence in the plant rhizosphere of Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR) leads to an increase of plant growth. However, the plant genetic elements that are required during this beneficial interaction are still largely unknown. A better knowledge of the plant signaling components that are targeted by PGPR would help to improve the use of PGPR in agriculture as it would be possible to select plant varieties more sensitive to the beneficial effect of PGPR. In the LSTM, the team uses a biological model formed by the model plant Arabidopsis thaliana and the PGPR Phyllobacterium brassicacearum STM196 discovered in the rhizosphere of oil-seed rape. With the help of phenotypic, transcriptomics and Bioinformatics approaches, we had the opportunity to discover genetic targets of STM196 in Arabidopsis. The involvement of the F - box protein EBF2 in the root hair elongation triggered by the bacteria has been highlighted. Moreover, we have confirmed a role for ZAT10 and WRKY46 transcription factors in the H202 accumulation and PAL activity repression induced by STM196. Finally, in collaboration with bioinformaticians, we have developed an online tool called "Virtual Lab Book on Arabidopsis" (database and Web interface). In the future, this tool should help in the identification of new genetic targets of STM196 through the meta-analysis of our experiments.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (175-31 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 157-175. Annexes

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  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS 2009.MON-181
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