Etude de modifications transcriptionnelles dans les carcinomes des voies aéro-digestives supérieures

par Benjamin Lallemant

Thèse de doctorat en Biologie - Santé. Sciences biologiques

Sous la direction de Jean-Paul Brouillet.

Soutenue en 2009

à Montpellier 1 , en partenariat avec Université de Montpellier I. Faculté de médecine (autre partenaire) .


  • Résumé

    Le pronostic des carcinomes épidermoïdes des VADS reste sombre. Le décryptage des mécanismes moléculaires impliqués dans la genèse et la prolifération de ses tumeurs ouvre des voies vers la découverte de marqueurs tumoraux pour le dépistage, le diagnostic, la classification ou la prédiction de la réponse aux traitements de cette maladie. L'analyse du transcriptome est une technique prometteuse dont le développement est considérable depuis l'apparition des micro-puces à ADN et de la RT-qPCR. Ce travail illustre les applications possibles de l'analyse du transcriptome pour la recherche de marqueurs tumoraux des carcinomes épidermoïdes des VADS. Nous présentons les différents projets de recherche : I- Validation de 9 marqueurs diagnostiques des carcinomes épidermoïdes des VADS issus des analyses transcriptionelles par micro-puce. Nous montrons que les niveaux d'expression des gènes FN1, MMP1, PLAU et SPARC sont supérieurs dans le tissu tumoral par rapport au tissu sain. Au contraire, ces niveaux sont plus faibles pour les gènes KRT4, KRT13, ILNR1, MAL et TGM3. L'analyse du niveau d'expression en RT-qPCR de l'un des 3 gènes ILNR1, MAL ou MMP1 permet de déterminer correctement la nature saine ou carcinomateuse de 87 des 92 échantillons. II- Etude de l'intérêt de la détection de l'ARNm salivaire de MMP1 comme teste diagnostic des carcinomes épidermoïdes des VADS. La détection de l'ARNm salivaire de MMP1a permit le diagnostique d'un carcinomes des VADS avec une sensibilité de 20% et une spécificité de 100%. III- Etude de l'intérêt de 12 gènes de ménage pour la normalisation des données de RT-qPCR en temps réel dans les carcinomes épidermoïdes des VADS. Parmi les 12 gènes testés (ACT, ALAS, B2M, GAPGH, HMBS, HPRT, KALPHA, RPS18, RPL27, RPS29, SHAD, TBP) tous présentent des stabilités suffisantes pour être utilisé comme gène de normalisation dans les études transcriptionnelles des carcinomes des VADS. Parmi ceux-ci, GAPDH et SADH semblent cependant les plus adapté

  • Titre traduit

    Gene expression analysis in head and neck squamous cell carcinoma


  • Résumé

    Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) prognosis is globally poor. The development of new tools for the management of this disease is urgent. Gene expression profiling is a promising biologiCai approach that has been extensively used in cancer research. Examples include elucidating the biological mechanisms involved in tumorigenesis and metastatic progression, identifying potential biological targets for the development of new drugs, identifying biological pathways involved in tumour resistance to chemotherapy or radiotherapy and improving tumour staging and patient outcome prediction. With gene expression profiling, it is possible to observe and quantify gene expression deregulation in tumour cells or their surrounding environment. Two technologies are currently used: DNA microarrays and RT-qPCR. Based on a comprehensive review of the literature and original researches this work presents an updated state of the art of the potential clinical applications of gene expression profiling in the field of HNSCC. In the study "Clinical relevance of nine transcriptiory!al molecular markers for the diagnosis of head and neck squamouscell carcinoma in tissue and saliva rinse" we found that ILIRN, MAL and 11MPI are prospective tumor diagnostic markers for HNSCC. :M1vfPl overexpression is the most promising marker, and its detection could help identify tumor cells in tissue or saliva. In the study "Reference gene selection for head and neck squamous cell carcinoma gene expression studies" we found that in HNSCC and/or normal mucosa, the four best normalizat!on genes were ALAS, GAPDH, RPS18 and SHAD and the most stable combination of two genes was GAPDH-SHAD. We recommend using KALPHA-TBP for the study of Tl-T2 tumors, RPL27 -SHAD for T3-T4 tumors, KALPHA-SHAD for NO tumors, and ALAS-TBP for N+ tumors

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Informations

  • Détails : 1 vol. (125 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 113-124 (201 réf.)

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire. Bibliothèque Universitaire Historique de Médecine.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TU 2009.MON-33
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 7868
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