Cellule souches hématopoïétiques et cellules souches embryonnaires humaines : analyse du transcriptome et mise en ligne des données par la création d'un atlas d'expression

par Sylvie Tondeur

Thèse de doctorat en Sciences chimiques biologiques pour la santé. Biologie santé. Hématologie

Sous la direction de John De Vos.

  • Titre traduit

    Hematopoietic stem cells and human embryonic stem cells : transcriptome analysis and data visualisation through the creation of comprehensive gene expression profiling resource


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  • Résumé

    L'étude du transcriptome par les puces à ADN permet de mesurer l'expression globale des gènes et a incontestablement modifié notre manière d'appréhender les questions biologiques. Nous avons appliqué cette technologie à l'étude des cellules souches. Par l'analyse du transcriptome des cellules souches embryonnaires humaines (CSEh), un modèle essentiel de cellules pluripotentes, nous avons pu mieux définir les mécanismes moléculaires de la pluripotence. En particulier, nous avons comparé des CSEh à des ovocytes humains pour identifier les déterminants intrinsèques de la pluripotence. Les puces Affymetrix Exon ST 1. 0 permettent d'étudier le transcriptome avec une résolution jamais atteinte jusqu'à présent, par la mesure de l'expression de l'ensemble des exons du génome. Nous avons utilisé ces nouvelles puces pour cartographier le profil d'expression exonique (exome) des cellules souches hématopoïétiques et des cellules sanguines normales. Ce travail a mis en évidence des évènement d'épissage alternatif spécifiques du tissu hématopoïétique (NEDD9, CD74) et un switch alternatif de certains transcrits au cours de la maturation (INPP4B, PTPLA, CXCL3 et COMMD6). Les gènes présentant ces évènements d'épissage sont particulièrement impliqués dans la mobilité cellulaire et la réponse immunitaire. Enfin, nous avons créé un atlas internet, Amazonia! (http://amazonia. Transcriptome. Eu/), pour un accès aisé à des données publiques de transcriptome. Des profils d'expression géniques peuvent être visualisées sous forme d'histogrammes ou de matrices colorées dans plus de 5000 échantillons répartis dans les différentes pages thématiques, telles que «stem cell», «hematology» ou «exon»

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Informations

  • Détails : 1 vol. (pagination multiple [87]-151 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 134-151 (284 réf.)

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  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire. Section Médecine-Unité pédagogique médicale.
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