Systematic and phylogenetic analysis of relationships between the members of the Southeast-Asian frogs of the Raninae, with particular emphasis on the Thai species

par Yodchaiy Chuaynkern

Thèse de doctorat en Zoologie

Sous la direction de Annemarie Ohler.

Le président du jury était Alain Dubois.

Le jury était composé de Pierre-André Crochet, Prateep Duengkae, Sébastien Steyer.

Les rapporteurs étaient Franco Andreone, Michael Veith.


  • Résumé

    L’analyse phylogénétique des relations entre les membres des Raninae sensu DUBOIS (1992) a été effectuée à partir de données morphologiques seules. Soixante-et-onze taxa ont été inclus dans l’analyse, comportant des espèces des genres Limnonectes, Amolops, Rana, Staurois et Rhacophorus. Quatre de ces espèces (Rana angolensis, Rana fuscigula, Limnonectes kuhlii et Rhacophorus rhodopus) ont été considérées comme groupe externe. Au total, 241 caractères morphologiques (123 de morphologie externe, 1 observé sur le têtard et 118 dérivés de la morphométrie) ont été employés. Les méthodes du gap-weighting et du step-matrix gap-weighting ont été utilisées pour coder des caractères polymorphiques et morphométriques en utilisant les valeurs des fréquences et des moyennes, respectivement. L’analyse a été accomplie en utilisant PAUP* (version 4. 0b10). Les résultats du codage gap-weighting ont abouti à 2 arbres plus parcimonieux équivalents courts, avec une longueur de 7901 pas, un CI de 0. 415 et un RI de 0. 3300. L’arbre obtenu avec le mode neighbor-joining a une longueur de 8029 pas, un CI de 0. 4443 et un RI de 0. 3102. Les résultats du codage step-matrix gap-weighting ont produit un seul arbre le plus court, avec une longueur de 29606 pas, un CI de 0. 1851 et un RI de 0. 5852. L’arbre obtenu par le mode neighbor-joining a été retenu pour décrire les relations entre les groupes. Les résultats de ces analyses confirment l’intérêt d’une analyse phylogénétique s’appuyant sur les caractères morphologiques. Toutefois, ils soutiennent seulement partiellement les hypothèses antérieures concernant les relations entre certains groupes. Ces résultats suggèrent que dans des analyses phylogénétiques futures une attention particulière devrait être accordée aux relations concernant Babina et Nidirana, Rana humeralis, Rana montivaga, Rana luctuosa, Rana malabarica, Odorrana and Eburana, et Sylvirana. Les résultats montrent que le choix entre les différentes méthodes pour traiter les caractères morphologiques est important et que l’utilisation de différentes méthodes à partir des mêmes données produit des arbres différents. De plus, l’utilisation des seuls caractères basés sur la morphologie externe et la morphométrie semble insuffisante pour mettre en évidence les patrons de relations. D’autres caractères, comme la musculature, le squelette, les chromosomes, le comportement, l’écologie ou les têtards peuvent être mis à profit pour la reconstruction phylogénétique, outre bien entendu les données moléculaires.


  • Résumé

    The phylogenetics analysis of the relationships between the members of the Raninae sensu DUBOIS (1992) was studied based on morphological data. Seventy-one taxa were included in the analyses including members of the genera Limnonectes, Amolops, Rana, Staurois and Rhacophorus. Among them, four taxa were treated as outgroup (Rana angolensis, Rana fuscigula, Limnonectes kuhlii and Rhacophorus rhodopus). A total of 241 morphological characters (123 from external morphology, 1 from tadpole and 118 from morphometry) were scored. Gap-weighting and step-matrix gap-weighting methods were adopted to code polymorphic and morphometric characters by using values of frequencies and means, respectively. The analysis was performed by using PAUP* (version 4. 0b10). Results from gap-weighting coding yielded 2 equally shortest parsimonious trees with a length of 7901 steps, a CI of 0. 415 and a RI of 0. 3300. The tree obtained from the Neighbor-joining search has received tree length of 8029 steps, a CI of 0. 4443 and a RI of 0. 3102. Results from step-matrix gap-weighting coding yielded a single shortest tree with a length of 29606 steps, a CI of 0. 1851 and a RI of 0. 5852. The tree from Neighbor-joining search is chosen for describing the relationships among the groups. Although the aim of this study was to determine the relationships among the members of the Raninae sensu DUBOIS (1992), the results only partially support previous hypotheses of relationships within some groups. Results of the present work suggest that in further intensive phylogenetic analysis attention should be paid to Babina and Nidirana, Rana humeralis, Rana montivaga, Rana luctuosa, Rana malabarica, Odorrana and Eburana, and Sylvirana. The results demonstrate the choice among different methods for dealing with characters is important and the application of different methods to the same data produces different trees. Further, using characters on external morphology and morphometry only should not be enough to find the relationship patterns. Other kinds of data such as musculature, skeleton, chromosomes, behavior, ecology, tadpoles maybe adopted for reconstruction the phylogeny as well as the molecular data.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (312 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 115-127, p. 241. Notes bibliogr.

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  • Bibliothèque : Muséum national d'histoire naturelle. Bibliothèque centrale.
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  • Cote : TH 2009 -- 16
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