Apport de la génétique évolutive dans la taxonomie et l'épidémiologie de Xanthomonas citri pv. Citri bactérie responsable du chancre asiatique des agrumes

par Lan Bui Thi Ngoc

Thèse de doctorat en Phytopathologie

Sous la direction de Olivier Pruvost.

Soutenue en 2009

à La Réunion .


  • Résumé

    Xanthomonas citri pv. Citri est la bactérie responsable du chancre asiatique des agrumes, qui affecte plusieurs genres de la famille des Rutacées. Elle est distribuée dans de nombreux pays agrumicoles et listée comme organisme de quarantaine. Trois pathotypes ont été décrits chez ce pathovar sur la base d'apparentes différences de gammes d'hôtes. Nos objectifs étaient de décrire les relations phylogénétiques entre les pathotypes et pathovars de Xanthomonas citri pathogènes des Rutacées et d'améliorer notre connaissance de l'épidémiologie par une approche de génétique évolutive. Pour cela, nous avons analysé leur diversité avec quatre méthodes moléculaires. Les pathotypes A* et Aw, infectant principalement les limettiers, n'ont pas été différenciés par leurs profils génétiques (obtenus par des méthodes de polymorphisme de longueur des fragments amplifiés (AFLP) et l'analyse de séquences multilocus (MLSA)) et pathologique et doivent être considérés comme synonymes. La proximité des deux lignées phylogénétiques correspondant aux pathotypes A et A* suggère un ancêtre commun relativement récent. Deux méthodes de génotypage ciblant des séquences insertionnelles et des minisatellites ont été développées et évaluées pour des analyses épidémiologiques à différentes échelles spatiales. Les approches bayésiennes ont été pertinentes pour décrire deux populations au Vietnam, dont l'une a vraisemblablement été récemment introduite. Le fort déséquilibre de liaison détecté à tous les niveaux géographiques suggère un isolement géographique entre les souches. Ces outils pourraient être intégrés dans un système global de surveillance ou à des fins d’analyse épidémiologique de X. Citri pv. Citri.

  • Titre traduit

    Input of evolutionary genetics for the classification and the epidemiology of Xanthomonas citri pathovar citri, the bacterium responsible for Asiatic citrus canker


  • Résumé

    Xanthomonas citri pv. Citri is the causal agent of Asiatic canker, a severe disease infecting several genera in the Rutaceae family. This bacterium is present in many countries worldwide and listed as a quarantine organism. Three pathotypes were described within X. Citri pv. Citri based on apparent differences in host range. Our objectives were to describe the phylogenetic relationships among pathotypes and pathovars of Xanthomonas citri strains pathogenic to Rutaceae and to improve our knowledge on the epidemiology of Asiatic canker by using an evolutionary genetics approach. For this we studied the genetic diversity of these xanthomonads using four molecular methods. Pathotypes A* and Aw, which are primarily pathogenic to limes, could not be genetically (based on Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) and MultiLocus Sequence Analysis (MLSA)) and pathologically distinguished and should be considered synonyms. The proximity of phylogenetic lineages comprising pathotypes A and A*, respectively, suggest a fairly recent common ancestor. Two molecular techniques targeting insertion sequences and minisatellites were developed and evaluated for further epidemiological investigations at several spatial scales. Bayesian approaches proved useful in describing two populations in Vietnam, one of which was likely recently introduced. Strong levels of linkage disequilibrium were detected at all spatial scales, primarily suggesting geographical isolation between strains. Tools evaluated in this work could be usefully integrated in a global surveillance system of X. Citri pv. Citri and for supporting epidemiological analyses.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (239 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliographie p. 215-232. Notes bibliographiques en fin de chapitres. Annexes

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de la Réunion (Saint-Denis). Service commun de la documentation. Droit-Lettres-Sciences humaines.
  • Disponible pour le PEB
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.