Temporal dynamics of components of the microflora, including Trichoderma sp. In relation to patch development of the disease incited by Rhizoctonia solani AG2-2 in a sugar-beet field

par Muhammad Anees

Thèse de doctorat en Soil microbial ecology

Sous la direction de Christian Steinberg et de Véronique Edel-Hermann.

Soutenue en 2009

à Dijon .

  • Titre traduit

    Evolution spatio-temporelle de la microflore du sol, plus particulièrement de Trichoderma spp. , en relation avec le développement en foyer de la pourriture racinaire causée par Rhizoctonia solani AG 2-2 sur betterave sucrière au champ


  • Résumé

    Afin d'identifier des mécanismes impliqués dans le développement des foyers causés par Rhizoctonia solani AG2-2 sur betteraves, des échantillons de sol ont été prélevés le long de transects traversant des zones infectieuses et des zones saines dans un champ cultivé en betteraves sucrières. Le potentiel infectieux et la résistance du sol aux maladies dues à R. Solani ont été mesurés et comparés. Le sol devient résistant au sein des foyers. L'analyse des structures de communautés bactériennes et fongiques par des méthodes génétiques et biochimiques ont mis en évidence l'émergence de Trichoderma spp. Au sein des foyers. Des isolements et une caractérisation génotypique, phénotypique et fonctionnelle de ces Trichoderma spp. Ont révélé qu'au sein d'une même espèce (T. Gamsii) des populations antagonistes de R. Solani s'étaient développé dans les foyers. En milieu contrôlé, la population de T. Gamsii testée inhibe fortement le développement et la croissance de celle de R. Solani AG 2-2 dès que celle dernière atteint une densité seuil. Cela expliquerait que le sol devienne résistant au coeur du foyer mais que l'apparition et le développement initial du foyer ne soient pas contrôlés. Des prélèvements réalisés au cours du temps montrent l'évolution de la structure des communautés microbiennes aboutissant au développement du foyer et révèlent que l'incidence d'une maladie aérienne causée par Cercospora beticola sur le feuillage de la betterave n'est pas neutre vis-à-vis de la microflore tellurique.


  • Résumé

    To assess the mechanisms involved in the development of disease patches caused by Rhizoctonia solani AG 2-2 in sugar beet field, transects were done across the sugar beet plots and soil was sampled within disease patches and healthy areas. Soil suppressiveness and soil inoculum potential were measured and compared. The soil became less conducive within the patches. The analyses of the structures of the microbial communities (bacteria and fungi, use of both genetic and physiological approaches) indicated changes leading to the isolation of various Trichoderma sp. They have been characterized, including the functional diversity i. E. Antagonistic activity (and the mechanisms involved) towards R. Solani. Those from the inside of the patches were more antagonistic towards R. Solani than those from healthy areas, although they could belong to the same species (T. Gamsii). Population dynamics were conducted to study the interactions between a strain of Trichoderma and R. Solani AG 2-2. They revealed that indeed T. Gamsii inhibits significantly the development and the density of R. Solani population once its population is above a threshold that may explain why the soil became less conducive within a patch but could not prevent the occurrence of the patch. Samplings were also performed along the development of the patches to study the temporal dynamics. The relative influence of an aerial disease of sugar beet caused by Cercospora beticola and the disease caused by R. Solani was investigated too, revealing that the effect of C. Beticola on the soil microflora was not neutral.

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  • Détails : 1 vol.(VI-141 p.)
  • Annexes : Bibliogr. [389] réf.

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  • Bibliothèque : Université de Bourgogne. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TDDIJON/2009/19
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