Etude du métabolisme de la levure Yarrowia lipolytica dans un écosystème fromager par une approche transcriptomique

par Soulaf Mansour

Thèse de doctorat en Science des aliments

Sous la direction de Pascal Bonnarme.

  • Titre traduit

    Transcriptomic study of the yeast Yarrowia lipolytica metabolism in a cheese ecosystem


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    L’adaptation des micro-organismes à leur environnement dépend à la fois de leurs aptitudes à faire face aux paramètres physico-chimiques propre au fromage et à dégrader les substrats présents dans le milieu, tout en étant en interaction avec d’autres espèces microbiennes. La maîtrise de la dynamique des populations reste un enjeu majeur dans le but de maîtriser les étapes de la fabrication du fromage. Cela permettrait, une fois la flore sélectionnée, de raccourcir le temps d’affinage de manière significative, tout en conservant, voire en améliorant les qualités organoleptiques et sanitaires du fromage. De nombreux travaux ont mis en évidence l’incapacité d’adaptation de la flore inoculée, qui se retrouve en compétition avec la flore indigène de l’environnement fromager. L’objectif de ce travail était de mieux comprendre le métabolisme adaptatif de la levure ubiquitaire du fromage Yarrowia lipolytica. Dans un premier temps, nous avons choisi d’étudier le métabolisme de la levure en mono-culture en se focalisant sur des voies métaboliques clés de l’affinage, le catabolisme du lactate et des acides aminés. La combinaison des techniques moléculaires, microbiologiques, biochimiques et protéomiques a permis de confirmer une réelle préférence de la levure pour les acides aminés, l’absence de ces derniers pouvant provoquer un état de stress oxydant chez Y. Lipolytica. De plus, une corrélation entre la consommation d’acides aminés et la production/accumulation d’ammoniac par la levure a été mise en évidence. L’ammoniac aurait un rôle i) dans l’alcalinisation du milieu, une étape essentielle dans la fabrication du fromage pour l’implantation de la flore d’affinage acido-sensible ; ii) de molécule signal entre les levures. Dans un second temps, l’étude de la levure en interaction avec deux bactéries Lactococcus lactis et Staphylococcus xylosus a été réalisée. Une première étape a consisté à comprendre les phénomènes d’interactions dans un milieu chimiquement défini, par une approche ciblée (RT-PCR quantitative) sur des gènes impliqués dans des voies de dégradation du lactate, du pyruvate et des acides aminés. L’étude en culture mixte a permis de mettre en évidence des phénomènes d’interactions entre micro-organismes en termes de croissance, mais également de complémentarité métabolique. En effet, les principaux gènes impliqués dans le catabolisme des acides aminés sont réprimés chez la levure en présence de S. Xylosus. De plus, l’expression de la lactate déshydrogénase de la levure est induite par la production de lactate par les deux bactéries. Dans une seconde étape, l’étude de la levure en co-culture a été réalisée dans un milieu modèle fromager, le rétentat. Afin d’obtenir une information complète de l’adaptation métabolique de la levure aux différentes associations, une approche globale par puce à ADN à été retenue. On observe un état de stress oxydatif chez la levure en présence de S. Xylosus, ainsi qu’une modification du fonctionnement mitochondriale et de l’expression des gènes de la chaîne respiratoire.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (224 p.)
  • Annexes : Bibliographie 283 réf.

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