Etudes structurales et dynamiques de la protéine membranaire kpOMPA par RMN en phase liquide et solide

par Marie Renault

Thèse de doctorat en Biophysique

Sous la direction de Alain Milon et de Martial Piotto.

Soutenue en 2008

à Toulouse 3 .


  • Résumé

    Les protéines membranaires représentent près de 30% des phases ouvertes de lecture des génomes et sont les médiateurs de nombreux événements membranaires vitaux pour la cellule et les organismes. Les bases moléculaires de leurs activités demeurent largement méconnues. Moins de 1% des structures déposées dans la Protein Data Bank correspondent à ce type de protéines. Nos connaissances sur leur dynamique sont rudimentaires, alors que la nature des membranes biologiques laisse penser qu'elle est complexe et essentielle à leurs activités. Au cours des dix dernières années, des progrès techniques et méthodologiques significatifs ont été réalisés en RMN et ont ouvert de nouveaux champs d'applications, notamment celui de l'étude structurale et dynamique des protéines membranaires. L'utilisation conjointe de méthodes de marquage isotopique élaborées (perdeuteriation, protonation sélective des méthyles, marquage fractionnel, marquage inverse), de spectromètres à haut champ équipés de cryosondes et d'expériences multidimensionnelles de type TROSY nous ont permis de déterminer la structure tridimensionnelle du domaine transmembranaire de la protéine OmpA de Klebsiella pneumoniae (KpOmpA) de 210 résidus et de caractériser sa dynamique à différentes échelles de temps en micelles de détergent par RMN en solution. . .

  • Titre traduit

    High resolution structural and dynamic studies of the membranane domain of OMPA from klebsiella pneumoniae (kpOMPA) by liquid-state and solid state NMR


  • Résumé

    The structure determination of integral membrane protein is one of the most challenging applications of current structural biology. They constitute about one third of all proteins in living organisms and are core components of many essential cellular processes. Only 0. 7% entries in the Protein Data Bank represent three-dimensional structures of membrane proteins. Our understanding about their dynamics is even more rudimentary, while the nature of biological membranes suggests that it is both complex and critical to their functions. In this regard, important advances in NMR spectroscopy have been made in the past ten years that have extended the range of molecules that are amenable to investigation, notably membrane proteins. We report herein the three dimensional structure of the transmembrane domain of OmpA from klebsiella pneumoniae (KpOmpA) in detergent micelles (60-70 kDa) by solution state NMR. For such purpose, the so-called Transverse Relaxation-Optimized SpectroscopY approaches at high magnetic field, combined to cryogenic technology and refined isotope labelling strategies has been used. The KpOmpA dynamics was assessed in a residue specific manner at various timescales by [15N, 1H]-NOEs (ps-ns), exchange broadening (ms) and 1H-2H chemical exchange (hours-weeks). . .

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Informations

  • Détails : 1 vol. (178 p.)
  • Annexes : Bibliogr. à la fin des chapitres

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  • Bibliothèque : Université Paul Sabatier. Bibliothèque universitaire de sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 2008TOU30055
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