Etude transcriptomique de la réponse de la vigne (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) au champignon ascomycète vasculaire Eutypa lata, responsable de l' eutypiose

par Céline Camps

Thèse de doctorat en Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie

Sous la direction de Serge Delrot et de Pierre Coutos-Thévenot.

Soutenue en 2008

à Poitiers .


  • Résumé

    Trois conditions expérimentales, in vitro, en serre et au vignoble, ont été utilisées pour produire des plantes saines et des plantes infectées par Eutypa lata. Chaque échantillon a été caractérisé par la notation des symptômes, le ré-isolement des champignons présents dans les parties lignifiées, et l' identification formelle du mycélium d'Eutypa lata par PCR. Cette caractérisation a permis de distinguer les plantes infectées avec symptômes (S+R+), des plantes infectées sans symptômes (S-R+), et des plantes saines (S-R-). L' expression de 15000 gènes de Vigne a été analysée à partir des feuilles de ces plantes grâce à des puces à ADN. La comparaison entre les plantes S+R+ et S-R- a révélé que 44% des gènes différentiellement exprimés et communs entre au moins 2 des 3 conditions sont déjà connus pour intervenir au cours d'une interaction plante/champignon, et que 21% des gènes sur-exprimés chez les plantes S+R+ sont impliqués dans des fonctions de défense. La comparaison entre les plantes S-R+ et S-R-, en serre et au vignoble, a permis l’identification de 17 gènes potentiellement utilisablespour le développement d' un outil de diagnostic précoce et non destructif. L'analyse combinée des résultats obtenus pour les comparaisons S+R+/S-R-, S-R+/S-R- et S+R+/S-R+, en serre et/ou au vignoble, a permis l'identification des gènes plus spécifiquement associés à la réponse à l'infection, à l'absence de symptômes ou à la présence de symptômes. Les profils d'expression de plusieurs gènes candidats ont été confirmés par RT-PCR et complétés avec les analyses de feuilles de vignes infectées par d'autres champignons pathogènes.

  • Titre traduit

    Transcriptomic study of grapevine response (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) to the vascular ascomycete fungus Eutypa lata, causing eutypiosis


  • Résumé

    Three growth conditions, in vitro, in greenhouse and in vineyards, were used to produce control plants and plants infected with Eutypa lata. Each sample was characterised by the symptom notation, the re-isolation of the fungus located in the lignified parts, and the formal identification of Eutypa lata mycelium by PCR. The characterisation led to the identification of three types of plants: infected and showing symptoms (S+R+), infected and showing no symptoms (S-R+) and healthy (S-R-). Microarray analysis on leaf samples from these plants enabled the following of the transcriptomic expression of 15000 grapevine genes. The comparison between S+R+ and S-R- plants showed that 44% of the genes differentially expressed and common to at least two of the three growth conditions are known to be involved in plant/fungus interaction and that 21% of the over-expressed genes in the plants S+R+ are involved in defense functions. The comparison between S-R+ and S-R- plants, in greenhouse and in vineyards, enabled to identify 17 genes potentially useful for the development of of an early and non-destructive diagnosis tool. The combined analysis of microarray data obtained for the comparisons S+R+/S-R-, S-R+/S-R-, and S+R+/S-R+, in greenhouse and/or in vineyard, led to the identification of genes that may be more specifically associated with the response to infection, or with the absence or presence of symptoms. The expression profiles of several candidate genes were confirmed by RT-PCR and completed by the analyses of leaves from grapevines infected with other fungal pathogens.

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  • Détails : 1 vol. (129 f.)
  • Annexes : Bibliogr. 335 réf.

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