Influence et traitement des données manquantes dans les études d'association sur trios : application à des données sur la sclérose en plaques

par Pascal Croiseau

Thèse de doctorat en Sciences biologiques. Génétique statistique

Sous la direction de Emmanuelle Génin.

  • Titre traduit

    Dealing with missing data in association studies on trios : application to multiple sclerosis data


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  • Résumé

    Pour tester l’association entre une maladie et un jeu de marqueurs, ou pour estimer les risques de la maladie, différentes méthodes ont été développés. Plusieurs de ces méthodes nécessitent que les individus soient génotypés pour l’ensemble des marqueurs et lorsque cette condition n’est pas respectée, les individus avec données manquantes sont alors exclus de l’analyse. Nous avons pu montrer que cette solution, qui conduit à une diminution importante de la taille de l’échantillon, pouvait aboutir à une perte de puissance pour détecter une association mais également à de fausses conclusions. Au cours de ma thèse, nous avons adapté aux données génétiques une méthode statistique nommée « imputation multiple » permettant de compléter les données manquantes par des données plausibles. D'après les études de simulation que nous avons menées, notre méthode apparaît comme un outil prometteur dans la recherche de variants de susceptibilité tant par sa simplicité d'utilisation que par sa fléxibilité aux modèles génétiques. Nous avons appliqué cette méthode sur un échantillon de 450 familles trios constituées d'un enfant atteint de Sclérose en Plaques et de ses deux parents. Des travaux récents ont mis en évidence une association entre un polymorphisme du gène CTLA4 et la Sclérose en Plaques. Cependant, CTLA4 fait partie du cluster de gènes CD28, CTLA4, ICOS par conséquent, cette association pourrait être due à un autre marqueur en déséquilibre de liaison avec celui-ci. Notre méthode nous a permis de retrouver l'implication du polymorphisme de CTLA4 mais également de fournir une nouvelle piste avec un polymorphisme de CD28 qui pourrait interagir avec le polymorphisme de CTLA4.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (142 f.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 133-138

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 0g ORSAY(2008)21
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