De l'editing par les désaminases APOBEC et ADAR, de puissants mutateurs des acides nucleiques viraux et cellulaires

par Vincent Petit

Thèse de doctorat en Microbiologie et virologie

Sous la direction de Simon Wain-Hobson.

Soutenue en 2008

à Paris 7 .


  • Résumé

    Les protéines APOBEC comprennent une grande famille de cytidines désaminases éditant spécifiquement TARN ou l'ADN simple brin. APOBEC-1 agit de manière extrêmement spécifique en éditant un unique résidu dans un ARN messager cellulaire particulier, tandis que les cibles cellulaires des APOBEC-3 n'ont pour l'heure pas été identifiées, bien qu'elles pourraient participer au contrôle des rétrotransposons. Deux des sept membres du groupe APOBEC-3 restreignent l'infection par le VIH-1 in vitro et in vivo. Nous montrons par nos résultats que l'hyperediting des transcrits inverses d'un gammarétrovirus exogène par APOBEC-1 et APOBEC-3 est possible in vitro. APOBEC-1 murine est également capable d'hyperéditer les cytidines dans l'ARN génomique de MLV. Des séquences virales hyperéditées ont été retrouvées in vivo, et l'analyse fine des sites édités suggère que l'editing in vivo est vraisemblablement le fait d'APOBEC-1 plus que d'APOBEC-3 chez la souris. Bien plus, APOBEC-1 murine est capable d'hyperéditer son substrat physiologique, l'ARN messager de l'apolipoprotéine B, et divers ARN hétérologues. Aussi APOBEC-1 murine est-elle un mutateur puissant des ARN et de l'ADN simple brin in vivo, et pourrait occasionner des effets néfastes pour la cellule en cas d'expression au mauvais endroit et/ou au mauvais moment. Nous montrons également que le segment ARN de l'hémagglutinine du virus influenza H1N1 fait l'obje d'hypermutations de type A vers G dues à la protéine ADAR in vivo chez le poulet, et retrouvons de séquences éditées dans les suspensions vaccinales destinées à la vaccination humaine. Il s'agit de I; première description d'un editing du virus influenza par une désaminase.

  • Titre traduit

    Of editing by adar and apobec deaminases, two powerful mutators of viral and cellular nucleic acids


  • Résumé

    Mammalian APOBEC molecules comprise a large family of cytidine deaminases with specificity for RNA and single-stranded DNA. APOBEC-1 s are invariably highly specific and edit a single residue in a cellular mRNA, while the cellular targets for APOBEC-3s are not clearly established, although they may curtail the transposition of some retrotransposons. Two of the seven member human APOBEC-3 enzymes strongly restrict human immunodeficiency virus type 1 in vitro and in vivo. We show here that single-stranded DNA hyperediting of an infectious exogenous gammaretrovirus, the murine leukemia virus (MLV), by murine APOBEC-1 and -3 deaminases occurs -in vitro. Murine APOBEC-1 was able to hyperdeaminate cytidine residues in MLV genomic RNA as well. Analysis of the edited sites shows that the deamination in vivo was due to mouse APOBEC-1 rather than APOBEC-3. Furthermore, murine APOBEC-1 is able fo hyperedit its primary substrate in vivo, the apolipoprotein B mRNA, and a variety of heterologous RNAs. In short, murine APOBEC-1 is a hypermutator of both RNA and single-stranded DNA in vivo, which could exert occasional side-effects upon over-expression. We show that the RNA encoding HA gene of influenza virus can be hyperedited by ADAR in vivo, and we found edited sequences harboring A to G mutations in vaccine preparation for human vaccination purpose as well. This is the first description influenza virus can be targeted by a deaminase.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (252 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 322 réf.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2008) 214
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