De l'identité cyanobactérienne : différents niveaux d'approche

par Virginie Gaget

Thèse de doctorat en Microbiologie et virologie

Sous la direction de Nicole Tandeau de Marsac.

Soutenue en 2008

à Paris 7 .


  • Résumé

    Les cyanobactéries sont des eubactéries ubiquistes des milieux aquatiques. Elles sont capables, lorsque les conditions nécessaires sont réunies, de se multiplier de manière exponentielle pour former ce que Ton appelle des efflorescences. Du fait de leur capacité à produire des métabolites secondaires tels que des toxines, ces bactéries peuvent parfois représenter un risque d'un point de vue sanitaire. Le suivi de ces bactéries repose sur une identification en microscopie optique selon des critères morphologiques. En effet, la classification des cyanobactéries repose essentiellement sur ces critères et a été établie selon deux codes : le Code International de Nomenclature Botanique (ICBN) et le Code International de Nomenclature des Bactéries (ICNB). L'emploi de ces deux codes a conduit à certaines incongruences au niveau de la taxonomie de certains taxons. L'avènement des phylogénies moléculaires a permis de compléter ou de remettre en questions certains aspects des classifications précédentes. Avec la multiplication des méthodes, se pose la question de l'identité cyanobactérienne selon l'ensemble de ces critères. Ce travail aborde la classification de ces bactéries à différents niveaux : d'un point de vue large, grâce à la découverte et l'exploitation d'une signature spécifique se trouvant au niveau du gène rpoB, permettant de résoudre la taxonomie jusqu'à un niveau infragénérique ; de manière fine, par la caractérisation polyphasique de souches appartenant au genre Planktothrix, et enfin, de manière appliquée, par l'utilisation de données génétiques pour la mise au point d'une méthode automatisée d'identification et quantification de cellules productrices de microcystines de trois genres : Microcystis, Planktothrix et Anabaena.

  • Titre traduit

    The Cyanobacterial identity : different level of approach


  • Résumé

    Cyanobacteria are ubiquist eubacteria of aquatic environments. They have the capacity, when necessary conditions are present, to grow exponentially and to form what is usually called a bloom. Producing secondary metabolites like toxins, these bacteria might represent sometimes a sanitary risk. The survey of cyanobacteria is based on an identification under photmicroscopy using morphological criteria. Indeed, their classification is essentially based on this type of criteria and has been established using two codes: the International Code of Botanic Nomenclature (ICBN) and the International Code of Nomenclature of Bacteria (ICNB). The use of these two codes led to ambiguous taxonomic assignations for some taxa. The development of molecular phylogenies allowed to complete and criticize some aspects of previsous classifications. This work approach the cyanobacterial classification at different levels : in a large way, due to the discovery and use of a specific indel located inside the rpoB gene, and which allowed to resolve the taxonomy of cyanobacteria at an infrageneric level; in more precise way, by the polyphasic caracterization of strains belonging to the Planktothrix genus, and, finally, in an applicated way, by the use of genetic informations for the development of an automated method for the identification and quantification of microcystin producing cells of three genera: Microcystis, Planktothrix et Anabaena.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (268 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 364 réf.

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  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2008) 061
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