Développement d'outils bioinformatiques pour l'étude du transcriptome à l'échelle de l'exon

par Pierre de La Grange

Thèse de doctorat en Thérapeutiques biotechnologiques

Sous la direction de Didier Auboeuf.

Soutenue en 2008

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Development of bioinformatic tools for the study of the transcriptome at exon scale


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Le principal mecanisme permettant l'augmentation de la diversite du proteome code par un nombre limite de genes est l'epissage alternatif. Ainsi, plus de 70 % des genes humains produisent plusieurs transcrits au contenu exonique different. J'ai developpe la plateforme bioinformatique fast db qui regroupe les informations concernant le contenu exonique des transcrits connus de tous les genes humains et murins, ainsi qu'un ensemble de predictions concernant leurs potentialites codantes et leur regulation post-transcriptionnelle. Fast db contient egalement des outils que j'ai developpes afin de faciliter les etudes experimentales sur l'expression des variants d'epissage. En particulier, j'ai cree un systeme d'analyse des puces exon array d'affymetrix qui permet d'etudier l'expression de l'ensemble des genes a l'echelle de l'exon. Mon systeme d'analyse de ces puces comprend un algorithme de prediction des evenements d'epissage differentiellement regules ainsi qu'une interface de visualisation des donnees qui permet non seulement de verifier les predictions issues de l'algorithme, mais egalement d'interpreter ces resultats de maniere simple et rapide. Ce systeme permet l'etude de la regulation/deregulation de l'epissage a large echelle. Cela est important a la fois dans la recherche fondamentale et dans la recherche biomedicale puisque des alterations de l'epissage sont frequemment observees dans des pathologies telles que le cancer. Par ailleurs, de nombreuses maladies monogeniques sont dues a des alterations de l'epissage en raison de mutations au niveau de sites d'epissage, mais egalement au niveau de sequences regulatrices de l'epissage. Afin d'aider les geneticiens a pred. . .

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Informations

  • Détails : 1 vol. (187 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 183 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2008) 060
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