Etude des processus de dérégulations géniques apparaissant dans la trisomie 21

par Emilie Graison Aït Yahya

Thèse de doctorat en Génomes et protéines

Sous la direction de Jean Delabar.

Soutenue en 2008

à Paris 7 .


  • Résumé

    La Trisomie 21 est la maladie d'origine génétique la plus fréquente et est caractérisée par un tableau clinique complexe et très variable. Afin de déterminer l'implication des gènes tripliqués dans la pathogénèse des phénotypes de la maladie, nous avons analysé les variations d'expression des gènes du chromosome 21 sous l'effet de la Trisomie dans des lignées lymphoblastoïdes dérivées de patients trisomiques et d'individus contrôles. Pour cela, nous avons créé une puce à ADN spécifiquement dédiée à l'ensemble du contenu du chromosome 21 contenant 359 gènes, prédictions et transcrits antisens. Nous avons pu établir une classification des gènes et prédictions du chromosome 21 en fonction de leurs variations d'expression sous l'effet de la Trisomie 21 dans notre modèle cellulaire. Les gènes surexprimés sont susceptibles d'être impliqués dans la pathogénèse de la Trisomie 21 contrairement aux gènes compensés, majoritaires. Et les gènes variables pourraient intervenir dans la variabilité phénotypique entre patients trisomiques. Dans 40% à 60% des cas, les patients trisomiques présentent des malformations cardiaques. Afin d'aller plus loin dans l'identification des gènes impliqués dans la pathogénèse de ce phénotype dans la Trisomie, nous avons comparé le transcriptome de lignées lymphoblastoïdes dérivées de patients trisomiques avec malformation cardiaque à celui de lignées de patients trisomiques sans aucune malformation cardiaque grâce à l'utilisation de puces pan génomiques représentant plus de 48000 transcrits humains. L'analyse des données révèle que 82 transcrits apparaissent différentiellement exprimés entre patients trisomiques avec et sans malformation cardiaque.

  • Titre traduit

    Analysis of gene expression dysregulation processes in Down syndrome


  • Résumé

    Down syndrome is the most common genetic disease and is characterized by numerous and highly variable clinical features. In order to determine the involvement of triplicated genes in the pathogenesis of the Down syndrome phenotypes, we analyzed chromosome 21 gene expression variations under the effect of the disease in lymphoblastoid cell lines from trisomic patients and control individuals. For this purpose, we designed an oligonucleotide microarray dedicated to the whole content of chromosome 21 containing 359 genes, predictions and antisense transcripts. We established a classification of chromosome 21 genes and predictions according to their expression variations in Down syndrome in our cellular model. Overexpressed genes are likely to be involved in Down syndrome phenotypes whereas the majority of genes which are compensated are not. Highly variable genes could rather be involved in the phenotypic variability between patients. In 40% to 60% of cases, trisomic patients show congenital heart defects. To go further in the identification of genes implicated in the pathogenesis of heart defect in Down syndrome, we compared the transcriptome of lymphoblastoid cell lines from patients with cardiac abnormalities to those of cell lines from patients without any heart defect using pangenomic microarrays representing more than 48000 human transcripts. Data analysis reveals that 82 transcripts are differentially expressed between patients with and without cardiac malformations.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (216 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 226 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2008) 025
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