Etude par RMN et dynamique moléculaire de la reconnaissance de l'ADN du VIH-1 par l'intégrase virale

par Sylvain Cosquer

Thèse de doctorat en Structure, fonction et ingéniérie des protéines

Sous la direction de Serge Fermandjian.

Soutenue en 2008

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    NMR and molecular dynamics studies of HIV-1 DNA recognition by viral integrase


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  • Résumé

    L'intégration de l'ADN du VIH-1 dans le génome cellulaire repose sur une réaction en deux étapes, maturation et transfert de brins, catalysée par l'intégrase virale (IN). IN se lie spécifiquement au site d'attachement/maturation à l'extrémité de l'ADN viral via son hélice alpha 4. La structure de l'ADN viral a été obtenue par RMN à très haute résolution grâce à l'utilisation des couplages dipolaires résiduels combinés aux paramètres classiques (NOE, couplages scalaires). Dans le site d'attachement/maturation, AGCA↧GT3', l'élément ÇA hautement conservé présente une structure distordue avec une perte de l'empilement des bases et s'écarte notablement de l'ADN B. Nous avons observé une corrélation interbrin (i-j+3) pour les transitions BI-BII des phosphates de la double hélice, et plus celles-ci sont fréquentes, plus le petit sillon est large. Les phosphates présentant un taux élevé de forme Bll sont orientés du même côté de l'ADN, constituant une face « mobile » portant les résidus impliqués dans la réaction de maturation. Seul l'élément ÇA conservé constitue un îlot rigide, alors que l'élément consécutif A↧G, siège du clivage, est lui très flexible. Nous proposons un mécanisme de maturation de l'ADN viral où la rigidité de CA assure la reconnaissance précise du site et la flexibilité de A↧G permet l'ajustement de la liaison phosphodiester clivable au contact des résidus catalytiques.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (168 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 230 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2008) 021
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