Effet d’une boucle interne asymétrique sur la flexibilité de la tige-boucle SL1 de l’ARN génomique de VIH-1 : une étude par simulation de dynamique moléculaire

par Sonia Mazier

Thèse de doctorat en Biophysique moléculaire

Sous la direction de Daniel Genest.

Soutenue en 2008

à Orléans .


  • Résumé

    Le virus responsable du SIDA, VIH-1 est composé de deux molécules d’ARN génomique identiques liées de façon non covalente par une région précise de leur extrémité 5’. La tige-boucle SL1 apparaît comme le site d’initiation de cette dimérisation. La dimérisation de cette tige-boucle est une étape clé dans le cycle viral et notamment dans la maturation du virion. Lors de cette dimérisation, le dimère de SL1 initialement formé appelé " kissing complex" (KC) se réarrange en un dimère étendu (DE). SL1 est constitué dans sa forme monomérique d’une tige-boucle contenant en son sein une boucle interne asymétrique G-AGG. Cette boucle asymétrique semble jouer un rôle biologique prépondérant et sa flexibilité a conduit à la publication de plusieurs structures contradictoires issues de la RMN. La simulation de dynamique moléculaire a été utilisée sur cette tige-boucle SL1 de manière à obtenir davantage d’informations sur sa structure. De plus, l’influence de la boucle interne sur les différentes formes de SL1 a été étudiée. Notre étude porte donc sur les structures du monomère, du " kissing complex", du dimère étendu mais également sur la transition entre ces deux dernières structures. On a pu montrer que la boucle apicale influence fortement la stabilité du monomère et en particulier la boucle G-AGG. De plus, les deux adénines adjacentes de la boucle apicale, dans le KC, sont animées d’une importante dynamique, ce qui explique les structures différentes proveneant de la RMN et de la cristallographie aux rayons X. Enfin, la transition, bien que compliquée à mettre en œuvre, a permis de mettre en évidence une structure intermédiaire appelée UU.

  • Titre traduit

    Effects of an asymmetric internal loop on the flexibility of the stem loop SL1 of the genomic RNA of HIV-1 : a molecular dynamics simulation study


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Informations

  • Détails : 1 vol. (193 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 178-193

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  • Bibliothèque : Université d'Orléans. Service commun de la documentation.Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS 19-2008-32
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