Relations entre nomenclatures, phylogénie et mesure de la biodiversité

par Yann Bertrand

Thèse de doctorat en Systématique

Le jury était composé de Tom Artois.

Les rapporteurs étaient Michel Laurin, Matthias Haberl.


  • Résumé

    Par le développement de la cladistique et du PhyloCode, la systématique a construit un cadre théorique et méthodologique qui bouleverse la classification et la nomenclature des êtres. Désormais, c’est à la philosophie du langage, à l’épistémologie, à la métaphysique d’explorer les rouages de cette science dont les entités fondamentales sont les clades et les espèces. Quelle est la nature ontologique de ces entités dont la dimension fondamentale est historique ? Comment passer d’une vision immuable et transcendante de la nature, à une grille de lecture du vivant caractérisée par sa matérialité et sa temporalité ? Quelle est la portée réelle au niveau de l’ensemble de la biologie des décisions de nomenclature prises en systématique? Enfin, avec l’accumulation des connaissances phylogénétiques, la conceptualisation des clades présents dans l’arbre change presque quotidiennement. Dès lors, comment expliquer que la communication soit préservée lorsque les référents des noms changent eux aussi? Ces questions forment le point de départ de notre réflexion. Notre approche fût d’importer les théories philosophiques qui permettent d’éclairer ces problèmes sous un angle nouveau. Il s’agit des deux concepts ontologiques fondamentaux que sont la catégorie naturelle (natural kind) et l’individu, la théorie causale de la référence et la théorie des mondes possibles.

  • Titre traduit

    Relationships between nomenclature, phylogenetics and biodiversity measures


  • Résumé

    What is the ontological nature of entities that lack any other essential features besides spatiotemporal properties? How to depart from the fixed realm of immutable and transcendental essence into a worldview wherein all biological entities are characterized by their temporality and materiality? What are the consequences of nomenclatural decisions on other sectors of biology? With the ever growing sequencing capacity and tree reconstructing abilities, our conceptualization of phylogenetic relationships is changing at an unprecedented pace. Then it begs the question, what prevents communication break down when the references of clades’ names are changing almost on a daily basis. These are some of the fundamental issues I am tackling in the present work. During my thesis, I’ve attempted to use some philosophical theories in my analysis of systematics and of the PhyloCode. These theories include the ontological distinction between individuals and natural kinds, the causal theory of reference and the theory of possible worlds.

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Informations

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  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. en fin de chapitres

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  • Bibliothèque : Muséum national d'histoire naturelle. Bibliothèque centrale.
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  • Cote : TH 2008 -- 22
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