Dynamique et toxicité de protéines avec une haute homologie de séquences : approche par dynamique moléculaire et calculs ab-initio

par Colette Foulie

Thèse de doctorat en Physique

Sous la direction de Patrick Senet.

Soutenue en 2008

à Dijon .


  • Résumé

    L’élucidation de la structure et de la fonction biologique des protéines est un enjeu majeur pour ses implications dans la recherche biomédicale et en biotechnologies. Par ailleurs, il existe une transition dynamique pour les protéines qui intervient à environ 200K: elle a été observée par diffusion incohérente de neutrons, diffraction X et spectroscopie de Mössbauer sur différentes protéines. Au-dessus de cette température de transition, la fonction biologique est activée et la protéine présente des sous-états conformationnels. L’origine microscopique de cette transition est encore débattue mais des résultats significatifs ont été trouvés ces dernières années sur le rôle primordial de l’hydratation. En utilisant la dynamique moléculaire classique, nous avons simulé la transition dynamique d’une famille de 7 protéines cytotoxiques, les thionines. En effet, ces protéines possèdent une haute homologie de séquence mais une toxicité très différente et la relation entre cette toxicité et la séquence de leurs acides aminés est loin d’être élucidée. L’objectif de cette thèse a donc été la compréhension des relations entre structure, dynamique et fonction biologique des thionines.

  • Titre traduit

    Dynamics and toxicity of proteins with a high homology of sequences : approach by molecular dynamics and ab-initio calculations


  • Résumé

    The elucidation of the structure and the biological function of proteins is a major stake for its implications in the biomedical research as well as in biotechnologies. In addition, there is a glass or dynamical transition for the proteins which occurs at around 200K: it has been observed by Neutron Scattering, X-ray diffraction and Mossbauer spectroscopy for different proteins. Above the transition temperature, the biological function is activated as the protein may diffuse between conformational sub-states. The microscopic origin of this transition is still debated in spite of significant advances in recent years showing the significant role of hydration. By using all-atoms classical molecular dynamics, we simulated the glass transition in a family of seven cytotoxic proteins, the thionins. Indeed, these proteins show a high homology of sequence but a very different toxicity and the relation between this toxicity and the sequence is far to be elucidated. The purpose of this work was to understand the relations between structure, dynamics and biological function of thionins.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol.(351 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 339-351, [163] réf.

Où se trouve cette thèse\u00a0?

  • Bibliothèque : Université de Bourgogne. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : TDDIJON/2008/24

Cette version existe également sous forme de microfiche :

  • Bibliothèque : Université de Lille. Service commun de la documentation. Bibliothèque universitaire de Sciences Humaines et Sociales.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : 2008DIJOS024
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.