Étude de la diversité métabolique des microorganismes des sources hydrothermales océaniques

par Nathalie Byrne

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Anne Godfroy.

Soutenue en 2008

à Brest .


  • Résumé

    Depuis la découverte des sources hydrothermales océaniques, la diversité microbienne de cet environnement a été étudiée en utilisant des approches culturales et moléculaires. Dans cette étude la diversité microbienne d’édifices hydrothermaux prélevés des sites TAG et Lucky Strike (Dorsale Médio-atlantique) a été étudiée par la réalisation d’inventaire moléculaires et de culture d’enrichissement en continu en bioréacteur. Afin de se rapprocher au mieux des conditions environnementales, les cultures ont été réalisées en condition et en présence d’hydrogéne et de dioxide de carbone ou en utilisant un mélange fluide hydrothermal/eau de mer comme milieu de culture. L’effet de changements environnementaux tel que la température et la présence ou l’absence de soufre a également été testé. La diversité des Archaea et des Bacteria a été étudiée aussi bien dans les échantillons que dans les cultures. Les analyses des séquences du gène codant pour l’ARNrlSS ont mis en évidence des micro-organismes affiliées aux Archaeoglobales, Thermococcales, Desulfurococcales, Deferribacterales et Thermales suivant les conditions de cultures. L’effet des changements environnementaux, la température, les donneurs et accepteurs d’électrons conditionnent la composition des communautés cultivées, comme cela peut se produire dans l’environnent. Dans une deuxième partie de cette étude, nous avons étudié le rôle du métabolisme anammox dans les écosystèmes hydrothermaux. La présence et l’activité de bactéries anammox ont été montrées dans ces environnements par l’amplification du gène codant pour I’ARNr16S de micro-organismes anammox, et des mesures d’activité de production de 14N-15N à haute température.

  • Titre traduit

    Metabolic diversity of microorganisms in deep-sea vent active chimneys


  • Résumé

    Since the discovery of oceanic hydrothermal vents, microbial diversity of this extreme environment was studied using both cultivation an molecular approaches. In this study the microbial diversity of active chimney from both TAG and Lucky Strike sites (Mid Atlantic Ridge) was investigated using both molecular survey and continuous enrichment culture in a bioreactor. To reproduce as close as possible environmental conditions the cultures were performed in oligotrophic conditions, in the presence of hydrogen and carbondioxide in the ga sweeping mix or using in situ sampled fluid/sea water mix as culture medium. The effect of environmental changes such as temperature and the absence or presence of sulphur was also investigated. Archaeal and Bacterial diversity was studied in both culture and natural samples. Through 16SrRNA gene sequences analysis of the enrichment cultures, microorganisms affiliated to ArchaeogIobales, Thermococcales, Desufurococcales, Deferribacterales and Thermales were detected depending of culture conditions. The effects of environmental changes (i. E. Modification of culture conditions: temperature, electron donors and acceptors availability, medium composition) were shown to affect the microbial community in culture, as happens in their environment. We have also investigated the role of anammox in hydrothermal settings. Evidence for the occurrence of anammox in this particular habitat was demonstrated by concurren surveys including the amplification of 16SrRNA gene sequences, ladderanes lipids analysis and measurement of a 14N-15N production in isotope pairing experiments at 60 and 85°C.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (204 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 181-204

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  • Bibliothèque : Université de Bretagne Occidentale. Service commun de la documentation Section Droit-Sciences-STAPS.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TBRE2008/13
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