Annotation et prédiction de la spécificité de substrat des enzymes actives sur les sucres

par Thomas Bernard

Thèse de doctorat en Bio-informatique

Sous la direction de Bernard Henrissat.

Soutenue en 2008

à Aix Marseille 2 .


  • Résumé

    Les enzymes agissant sur les sucres, ou cazymes, sont impliquées dans de nombreux processus biologiques et largement utilisées par l’industrie. Aujourd'hui, la quantité de séquences de cazymes rendue disponible est cependant tellement grande qu’il est devenu impossible de toutes les caractériser expérimentalement. Leur annotation se fait donc en grande partie par approche bioinformatique, appuyée sur la classification CAZy qui leur est dédiée. Le travail effectué ici a consisté à mettre en place un ensemble d'outils permettant la création et l'intégration aisée de sous-familles à cette classification afin de permettre la prédiction de la spécificité de substrat d'une cazyme à partir de sa seule séquence. Ont donc été développés: un outil interactif permettant la définition de sous-familles, un outil d'annotation modulaire automatique des nouvelles cazymes et une méthode permettant l'identification des résidus responsables de la spécificité fonctionnelle d'un groupe de cazymes donné

  • Titre traduit

    Annotation and prediction of the substrate specificity of carbohydrate active enzymes


  • Résumé

    Enzymes acting on sugar, or cazymes, are implied in a vast variety of biological process and are widely used in the industry. Nowadays, the amount of cazymes' sequences is so large that it has became impossible to experimentally characterize all. Their annotation is thus mostly based on bioinformatic approaches using the dedicated CAZy classification. The work of this thesis consists on designing a set of tools allowing the creation and the integration of a sub-familly level to this classification in order to enable the substrate prediction of a cazyme from sequence alone. Thus have been developed: an interactive tool allowing the definition of sub-families, a tool for the automatic modular annotation of new cazymes sequences and a method aiming at the detection of residues responsible for the functional specificity of a given subgroup of cazymes.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (452 f.)
  • Annexes : Bibliogr. f.393-450

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  • Bibliothèque : Université Aix-Marseille (Marseille. Luminy). Service commun de la documentation. Bibliothèque de sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 48262
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