Mise en place de l’évaluation génétique sur les contrôles élémentaires en bovins laitiers et perspectives d’utilisation des résultats en appui technique

par Hélène Leclerc

Thèse de doctorat en Génétique animale

Sous la direction de Vincent Ducrocq.

  • Titre traduit

    Development if the French dairy cattle test-day model genetic evaluation and prospects of using results for herd managment


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Les modèles d’évaluation génétique des caractères de production laitière et de comptages cellulaires chez les bovins ont considérablement évolué depuis 10 ans. La plupart des pays ont mis en place (Allemagne, Canada, Danemark, Italie, Nouvelle-Zélande, Pays-Bas…) ou sont en train de mettre en place (France) des évaluations exploitant directement la production à chaque contrôle au lieu de la production cumulée en 305 jours. Le principal intérêt des modèles de contrôles élémentaires réside dans une meilleure prise en compte des effets systématiques de l’environnement de chacun des contrôles. Les valeurs génétiques estimées sont donc plus précises. La France a fait le choix d’un modèle original par sa simplicité d’interprétation et sa flexibilité d’utilisation. Les courbes de lactation sont décomposées en une somme d’effets propres à la vache (caractéristiques génétiques et non génétiques) et d’environnement (troupeau, race, région, rang de lactation, âge et mois de vêlage, durée de tarissement, gestation…). Ces effets sont calculés pour les stades de lactation allant de 7 à 335 jours et sont corrigés pour tous les autres facteurs de variation ce qui les rend directement interprétables. Toutefois, ces modèles sont informatiquement très coûteux compte tenu de leur niveau de sophistication et du nombre considérable de données élémentaires à analyser simultanément. Le premier objectif de cette thèse a été de valider le logiciel d’évaluation génétique développé pour cette application et d’étudier les possibilités de simplification du modèle afin de limiter les besoins informatiques. L’exactitude des calculs mis en œuvre a été validée à l’aide d’une approche novatrice basée sur la reconstruction de données simulées répondant à des caractéristiques spécifiques telles que les effets estimés par le logiciel sont exactement ceux simulés si celui-ci est correct. Compte tenu des limites informatiques, le nombre total d’effets aléatoires du modèle a été réduit en utilisant une approche de réduction du rang des matrices de (co)variances de ces effets aléatoires sans toutefois entraîner de variations notables des valeurs génétiques estimées. Nous avons d’autre part mis en évidence que seul le niveau (et non la forme) des effets fixes modélisés par des courbes fonctions du stade de lactation dépend de l’année du contrôle. Cette constatation permet une précorrection des données pour les effets liés aux courbes de lactation dépendant de l’âge, du mois de vêlage, de la durée de tarissement et de la gestation. Cette modification a permis d’accroître la stabilité des effets estimés et de réduire de façon importante les temps de calcul en rendant possible la réalisation de l’évaluation génétique en deux étapes : l’étape de précorrection est suivie d’une analyse des données précorrigées à partir d’un modèle incluant l’ensemble des effets aléatoires et les seuls effets fixes qui dépendent de l’année. Outre des gains de précision des valeurs génétiques estimées – probablement assez modestes –, ces modèles sophistiqués et informatiquement très contraignants offrent des perspectives extrêmement intéressantes en matière de valorisation des données collectées en appui technique dont l’étude constituait le deuxième objectif de cette thèse. Les travaux réalisés ont permis de mettre en avant de multiples perspectives de ce point de vue. En effet, grâce à la modélisation originale des effets fixes comme somme de courbes spécifiques, le modèle d’évaluation génétique sur les contrôles élémentaires permet d’envisager le développement de nouveaux outils pour le conseil en élevage où les prédictions de production seraient réalisées à partir des effets estimés lors des évaluations. Ces nouveaux outils pourraient également inclure un module d’analyse dynamique de l’effet de la conduite du troupeau à travers l’effet « troupeau – jour de contrôle » dont nous avons pu mettre en évidence la bonne prédictibilité (corrélation autour de 0. 8 entre valeur prédite et valeur estimée a posteriori). L’association des résultats d’analyses réalisées dans le cadre des évaluations génétiques nationales sur divers caractères (production, fertilité, santé de la mamelle) ouvre de nouvelles voies de recherche regroupant l’ensemble des thématiques ayant trait à la production laitière : génétique, nutrition, physiologie, santé…

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Informations

  • Détails : 1 vol. (258 p. p.)
  • Annexes : Bibliographie 275 réf.

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