Synthèses, structures et propriétés de dinucléotides à conformation contrainte

par Christelle Dupouy

Thèse de doctorat en Chimie. Biologie. Santé

Sous la direction de Jean-Marc Escudier.

Soutenue en 2007

à Toulouse 3 .


  • Résumé

    Nous organisons un brin d'acide nucléique par introduction sur le squelette sucre-phosphate, de dinucléotides comportant un cycle (1,3,2)-dioxaphosphorinane, appelés D-CNA. Le cycle à six chainons contraint les angles de torsion (alpha-zêta) du squelette à des valeurs fixes, canoniques ou non des structures doubles hélices des ADNs. La synthèse des alpha,bêta-D-CNA (g-, t) et (g+, t) a été optimisée et étendue au LNA/alpha,bêta-D-CNA. Des dinucléotides contraints au niveau des angles de torsion epsilon et zêta ont été préparés : les nu2,epsilon,zêta-D-CNA, les (2',5'),nu2,epsilon',zêta'-D-CNA et les xylo-epsilon,zêta-D-CNA. Les propriétés induites par les alpha,bêta-D-CNA (g-, t) et (g+, t) dans des oligonucléotides ont été évaluées. La modification canonique alpha,bêta-D-CNA (g-, t) favorise la formation de duplex (deltaTm = +5°C/mod). L'incorporation de l'alpha,bêta-D-CNA (g+, t) avec une valeur atypique de l'angle alpha, stabilise des tige-boucles par préorganisation de la partie boucle non appariée. L'ensemble des D-CNA pourra conduire à l'élaboration de structures d'acides nucléiques hélicoïdales ou non.

  • Titre traduit

    Syntheses, structures and properties of dinucleotides with constrained conformation


  • Résumé

    We showed that nucleic acids can be pre-organized by introduction of Dioxaphosphorinane- Constrained Nucleic Acid building units (D-CNA). These dinucleotides structures locked the sugar/phosphate backbone tortional angles into predefined values that can be canonical or not of the typical A- or B-type duplexes. In this work, the alpha,beta-D-CNA synthetic pathway was optimized and extended to the preparation of LNA/alpha,beta-D-CNA. We also obtained new dinucleotides with constrained epsilon and zeta tortional angles i. E: nu2,epsilon,zeta-D-CNA, (2',5')-nu2,epsilon',zeta'-D-CNA and xylo-epsilon,zeta-D-CNA. The induced properties of alpha,beta-D-CNA featuring the canonical value of alphaor an atypical one, within oligonucleotides were investigated. Whereas, duplex stability were increased (deltaTm = +5°C/mod) with the alpha,beta-D-CNA featuring the gauche (-) configuration of a, hairpins structures can be stabilized by preorganization of the loop moiety with an alpha,beta-D-CNA locking a in the gauche (+) configuration. D-CNA dinucleotides showed promising ability to generate stable nucleic acid secondary structures.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (195 p.)
  • Annexes : Bibliogr. à la fin des chapitres

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  • Bibliothèque : Université Paul Sabatier. Bibliothèque universitaire de sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 2007TOU30100
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