Adaptation des populations bactériennes présentes dans les sédiments de la lagune de Bizerte aux polluants organiques (Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques), inorganiques (métaux traces) et aux antibiotiques

par Olfa Ben Said

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Robert Duran.

Soutenue en 2007

à Pau en cotutelle avec l'Université de Carthage (Tunisie) .


  • Résumé

    Les objectifs de ce travail ont été en premier lieu d’évaluer l’impact de la présence des HAPs et des métaux sur la structure et la biodiversité des communautés bactériennes présentes dans les sédiments de la lagune de Bizerte, ainsi que l’effet de certains paramètres du milieu. On a cherché également à caractériser des souches bactériennes capables de dégrader les HAPs et résistantes aux métaux et aux antibiotiques ainsi qu’à détecter des gènes impliqués dans la dégradation des HAPs. L’étude de la diversité bactérienne des sédiments a été réalisée en combinant les approches culturales de microbiologie et des approches de biologie moléculaire. Les analyses statistiques combinées des paramètres hydrobiologiques, de la teneur en HAPs et des empreintes génétiques des communautés bactériennes par T-RFLP ont montré que la communauté bactérienne des sédiments de la station la plus contaminée par les HAPs se différencie clairement de celles des autres stations. L’inventaire moléculaire des communautés bactériennes des sédiments des stations chargées en HAPs et en métaux traces a mis en évidence une différence significative dans la structure des communautés bactériennes entre la station la plus polluée par les HAPs et celle la plus chargée en métaux traces. Les bactéries isolées sur du fluoranthène ont été caractérisées par des tests morphologiques et biochimiques ainsi que par leurs antibiorésistances et celle de la résistance aux métaux. Parmi celles sélectionnées pour leur multirésistance, 75 % d’entre elles ont été affiliées à la sous-classe des γ-Protéobactéries dont 67 % au genre Pseudomonas. Les dosages des HAPs ont montré que les souches sélectionnées étaient capables de dégrader les différents hydrocarbures testés. L’amplification par PCR a permis de détecter le gène nah codant pour la naphtalène dioxygénase chez ces souches sélectionnées. De plus, les profils plasmidiques ont permis de mettre en évidence des plasmides de grandes tailles portant l’opéron du gène nah.


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