Génération ab initio de modèles protéiques à partir de représentations discrètes des protéines et de critères d'énergie simplifiés

par Julien Maupetit

Thèse de doctorat en Analyse de génomes et modélisation moléculaire

Sous la direction de Pierre Tuffery.

Soutenue en 2007

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Ab initio protein model generation starting from a local description of the structure and simplified energetic criterion


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Dans l'ère post-génomique, de nombreuses protéines identifiées par leur séquence demeurent de structure inconnue, non résolue expérimentalement, et non accessibles aux méthodes de modélisation comparative. L'objet de mon travail de thèse a été d'explorer une approche de prédiction de novo de la structure des protéines. Cette méthode est fondée sur le concept d'alphabet structural, c'est à dire une description de la structure locale des protéines utilisant un nombre réduit de conformations prototypes. A partir de la seule séquence en acides aminés de la structure à prédire, nous avon mis en place une méthode de prédiction de fragments candidats de taille variable, couvrant plus de 98,6% de la structure de la protéine pour une taille moyenne 6,7 résidus. Les fragments prédits nous permettent d'approximer les structures protéiques avec une précision moyenne de 2,2 angströms. L'assemblage de ces fragments est réalisé par un algorithme glouton. Le champ de force OPEP a été optimisé puis implémenté dans l'algorithme glouton pour évaluer la pertinence des modèles générés. L'évaluation, en aveugle, de la méthode a été réalisée, pour la première fois, lors de notre participation à CASP7, ce qui nous a permis d'identifier les faiblesses de la méthode. A l'heure actuelle, l'amélioration du champ de force et de la procédure d'assemblage des fragments, nous permet, dans certains cas, de donner des résultats au niveau ou meilleurs que les serveurs réputés du domaine.

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La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (284 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 395 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2007) 194
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