Echantillonnage des petits et grands déplacements atomiques dans les protéines et complexes moléculaires

par Mi-Ran Yun

Thèse de doctorat en Structure, fonction et ingéniérie des protéines

Sous la direction de Philippe Derreumaux.

Soutenue en 2007

à Paris 7 .


  • Résumé

    La connaissance de l'espace conformationnel de protéines est une importance majeure en biologie, en effet, lors de l'association des protéines (au-delà de la notion 'clef-serrure') les changements conformationnels y jouent un rôle important. De nombreuses études, expérimentales (RMN, Rayons X. . . ) et théoriques (Dynamique Moléculaire, Méthode de Monte Carlo. . . ), sont utilisées pour décrire l'espace conformationel de: molécules. La flexibilité des chaînes latérales est bien caractérisée, cependant celle des chaînes principales reste problématique, souvent sous représenté. Nous proposons une méthode activée, ARTIST (Activation-Relaxation Technique for Internai coordinate Space Trajectories) fusionnée et adaptée de deux programmes existants, (ART et LIGAND) capable d'explorer, en coordonnées internes, des déplacements localisés ou collectifs sur les protéines impliquant ainsi le squelette protéique. Nous démontrons la capacité d'ARTIST à explorer les changements conformationnels en passant de petites protéines aux complexes en utilisant les champs de force en tout-atome d'AMBER et de FLEX. Et le programme ARTIST est adapté avec le champ de force gros-grain OPEP, les premiers tests sont réalisé sur une petite protéine.

  • Titre traduit

    Sampling small and large atomic displacements in proteins and molecular complexes


  • Résumé

    The knowledge of protein conformational space is a major importance in biology, while protein binding (beyond of the notion "lock and key" the conformational changes play an important role. The several experimental (NMR, X-ray crystallography. . . ) and theoretical studies (Molecular Dynamics, Monte Carlo method. . . ), are used for describe molecular conformational space. The side chain flexibility is well characterized, however main chain flexibility rest in problem. We propose an activated method, ARTIST (Activation-Relaxation Technique for Internal coordinate Space Trajectories) fused and adapted from two programs, (ART and LIGAND) capable to sample, in internal coordinates, local or collective displacements on proteins involving protein backbone. We show the capacity of ARTIST to sample conformational changes from small proteins to complexes using AMBER and FLEX ail atom force fields. The ARTIST is adapted with the coarse-grained force field (OPEP), first tests were performed on a small protein.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (99 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 206 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2007) 128
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