Biais de codons et régulation de la traduction chez les bactéries et leurs phages

par Marc Bailly-Bechet

Thèse de doctorat en Physique

Sous la direction de Massimo Vergassola.

Soutenue en 2007

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Codon bias and regulation of translation in bacteria and phages


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Cette thèse regroupe des travaux concernant le biais d'usage de codons et son rôle chez les bactéries et leurs phages. Après une introduction portant sur i) la traduction chez les procaryotes, et ii) les techniques de classification et la théorie de l'information, un nouvel algorithme de partition d'un ensemble de gènes en fonction de leur usage de codons est appliqué aux génomes d'e. Coli et de b. Subtilis. Le génome de ces organismes se compose respectivement de 4 et 5 groupes de gènes ayant des usages de codons distincts. Les gènes du même groupe partagent des fonctions similaires, et sont organisés sur le chromosome en domaines d'une longueur de 10 à 15 gènes. Cette organisation non triviale pourrait permettre une régulation de la vitesse de traduction des gènes en fonction de leur contexte génétique. Dans la seconde partie le biais de codons et le contenu en arnt de phages sont analysés, comparativement à ceux de leurs hôtes. L'étude statistique montre que le contenu en arnt des phages n'est pas aléatoire, mais biaisé en faveur d'arnt complémentaires aux codons fréquents chez le phage. Un modèle d'équation maîtresse montre quels processus pourraient modeler cette distribution des arnt chez les phages: l'acquisition aléatoire par le phage d'arnt, et la perte préférentielle des arnt correspondants à des codons moins utilisés par le phage que par son hôte. Un tel mécanisme permettrait au phage de s'adapter en ne conservant que les arnt présents en faible quantité chez son hôte pendant l'infection. Finalement, on observe plus d'arnt chez les phages lytiques que chez les tempérés, indiquant une plus forte selection traductionnelle dans leur cas.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (262 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 319 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2007) 044
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