Couplage haptique pour des applications de docking moléculaire

par Bruno Daunay

Thèse de doctorat en Mécanique. Robotique

Sous la direction de Stéphane Régnier.

Soutenue en 2007

à Paris 6 .


  • Résumé

    Réaliser une tâche de docking moléculaire avec un retour d'effort à six degrés de liberté suppose d'adresser trois difficultés majeures. Le fait de réutiliser un logiciel conçu pour des applications pharmaceutiques, suppose de s'adapter à celui-ci. La première difficulté consiste donc dans le temps de réponse du changement conformationnel de la protéine, qui n'est pas temps-réel. Les commandes risquent donc d'être instables. La différence d'échelle entre les efforts et les déplacements de l'environnement de l'utilisateur et de la molecule, ainsi que la forte raideur des forces intermoléculaires, posent un réel problème quant à l'interprétation des efforts. De plus, le simulateur moléculaire évalue une énergie d'interaction. Sa conversion en effort doit donc être envisagée. La plate-forme de téléopération mise en place, qui garantit un retour d'effort à six degrés de liberté, prend en compte ces difficultés, et propose : La réutilisation d'un logiciel de simulation moléculaire, intégrant un processus de minimisation de l'énergie calculée à partir d'un champ de force quelconque, interfacé avec un organe haptique de la classe Virtuose. Une commande en variables d'onde capable d'atténuer la grande amplitude des forces et de rendre passive la communication, retardée par le calcul du changement de conformation de la protéine. Des coefficients homothétiques font l'adéquation entre les grandeurs physiques des deux mondes. Une conversion de l'énergie d'interaction en effort à ressentir. Celle-ci est assurée par un modèle paramétrable utilisant la méthode des moindres carrés pour l'actualisation de ses paramètres. Sa dérivée analytique fournit les efforts d'interaction.

  • Titre traduit

    Haptic feedback ²for molecular docking applications


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Informations

  • Détails : 1 vol. (XI-150 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 145-150

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
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  • Cote : T Paris 6 2007 324
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