Dynamique de propagation de bactériophages

Dynamics of propagation of bacteriophages

• Auteur / Autrice : Luis Javier Alvarez Sanchez
• Direction : Didier Chatenay
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biophysique
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Paris 6

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bactériophages

Mots clés libres

Bactériophage

Lambda fluorescent

Simulations numériques

Profils de population de phages

Eyfp

Plaque

Gpd

Phénomène de propagation virale

Réaction-diffusion

Time-lapse

Résumé

Nous avons réalisé une étude centrée sur la propagation virale du bactériophage lambda. Afin de caractériser en détail la dynamique de formations des plaques, nous avons génétiquement modifié le phage lambda de façon à rendre sa capside fluorescente en créant une fusion entre la protéine GpD de la capside du phage et la protéine EYFP. Le comportement de ce phage modifié a été caractérisé et son coefficient de diffusion au sein d’une plaque a été mesuré avec la technique de FRAPP. Ensuite nous avons étudié les profiles de population de phages au sein dúne plaque avec la technique de vidéomicroscopie en time-lapse. Des expériences supplémentaires en time-lapse ont été réalisées afin de caractériser la croissance des bactéries hôte en boîte de Petri sur un substrat d’agar. Les résultats de propagation obtenus sont comparés avec les modèles et expériences antérieurs développés afin de décrire la propagation du phage T7. Pour finir, nous avons réalisé des simulations numériques complémentaires qui sont qualitativement en accord avec les résultats expérimentaux.

We have developed a study focused on the viral propagation of the lambda bacteriophage. With the purpose of a detailed characterization of the dynamics of the spread of infection during the formation of plaques, we have constructed a bacteriophage lambda carrying a fluorescent fusion between the minor protein of the capsid GpD and the Enhanced Yellow Fluorescent Protein (EYFP). The next step has been to perform the preliminary characterisation of the properties of this new fluorescent virus including measurements of its diffusion coefficient on a plaque using the technique called FRAPP. Subsequently we have measured the dynamic of the phage population profiles in time within the plaque using time-lapse videomicroscopy. Supplementary experiments have been done in order to characterize the bacterial growth in Petri dishes on an agar substrate. The results have been compared to previous experiments and theoretical works performed in order to describe the propagation of the T7 bacteriophage. Finally, we have performed complementary numerical simulations that are in qualitative agreement with the experimental results.