Caractérisation d’une protéine de fonction inconnue, YdiB de Bacillus subtilis, membre d’une nouvelle famille d’ATPases exclusivement bactériennes

par Johanna Karst

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Jean-Michel Jault.

Soutenue en 2007

à l'Université Joseph Fourier (Grenoble) .

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  • Résumé

    Nous avons étudié une enzyme de Bacillus subtilis, YdiB, de fonction inconnue. Le gène, spécifiquement procaryote et décrit comme essentiel chez plusieurs espèces, fait de YdiB une cible de choix pour une future recherche d’antibiotiques. Nous avons construit une souche délétée de ydiB dont la croissance est fortement réduite. Une faible activité ATPase a été mesurée, néanmoins spécifique de YdiB puisque la mutation d’un résidu conservé dans son site actif abolit quasiment toute l’activité. Différentes techniques ont révélé que YdiB était capable de former des oligomères, et des résultats similaires ont été observés pour YjeE, son homologue chez E. Coli. L’addition de sels favorise le déplacement de l’équilibre vers le monomère, qui est plus actif que les multimères. Les formes dimériques ont été détectées par « cross-link » in vivo. Enfin, une recherche des partenaires cellulaires de YdiB suggère un rôle de la protéine lors d’une réponse à un stress, ou une interaction avec le ribosome.


  • Résumé

    We have studied an enzyme of Bacillus subtilis, YdiB, of unknown function. The gene, specifically prokaryote and essential in several species, makes YdiB a good target for the research of new anti-bacterial drugs. We made a full knock-out of ydiB in B. Subtilis, and its growth was strongly reduced. YdiB exhibited a low ATPase activity that was specific to the protein because it was abrogated by a mutation of an invariant residue in the active site. Different techniques revealed that YdiB forms oligomers, and similar results were found with YjeE, the E. Coli orthologue. The addition of salt displaced the equilibrium towards the monomer, that is more active than the dimeric/multimeric form of the enzyme. The dimeric form was also detected by in vivo cross-linking experiments. Finally, we tried to find cellular partners of YdiB and preliminary results suggest a possible role in a stress response, or an interaction with the ribosome.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (219 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 161 à 172. Publications de l'auteur

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  • Bibliothèque : Service interétablissements de Documentation (Saint-Martin d'Hères, Isère). Bibliothèque universitaire de Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS07/GRE1/0169/D
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