Mining sequence and microarray data to study the transcriptome

• Auteur / Autrice : Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
• Direction : Gilles Bernot
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Evry-Val d'Essonne

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bioinformatique

Expression génique

Génome

Résumé

On peut observer l’expression d’un génome en caractérisant l’ensemble des ARN messagers produits, le transcriptome. Deux techniques à grande échelle ont été choisies pour caractériser le transcriptome de Xenopus tropicalis pendant sa métamorphose: le séquençage d’ADNc (ESTs) et les puces à ADN. Cette thèse décrit l’analyse des ESTs et la création d’un indice de gènes accessible au travers d’une application web spécialement conçue. L’analyse de puces à ADN est centrée sur le prétraitement des données et l’acquisition de profils d’expression à partir d’un plan d���expérience complexe. Aborder l’analyse d’une façon pluridisciplinaire permet de satisfaire les besoins des biologistes et de sélectionner les outils appropriés pour chaque étape de l’analyse. Du point de vue méthodologique, cette thèse représente une démarche générale de l’étude du transcriptome d’un eucaryote complexe. Du côté biologique, l'information obtenue apporte à la connaissance de la biologie de X. Tropicalis.

The expression of a genome can be observed at the RNA level, the transcriptome. Two large-scale approaches were chosen to characterize the transcriptome of Xenopus tropicals during metamorphosis: cDNA sequencing (ESTs) and DNA micro-arrays. This thesis describes the analysis of ESTs and the creation of a gene index, accessible through a specially designed web application. The analysis of micro-arrays is centered around data pre-processing and data acquisition of expression profiles from a complex experimental design. Our pluridisciplinar approach satisfied the needs of biologists and enabled the selection of appropriate tools for each step of the data analysis. From a methodological point of view, this thesis is representative of a general workflow for transcriptome studies with a complex eukaryotic genome. In addition, information that increases the knowledge on X. Tropicalis biology was obtained.