De la séquence à l’analyse de génomes procaryotes : application à l’étude de trois génomes du genre Acinetobacter sp.

Sequencing and analyzing Procaryotic genomes : the story of tree Acinetobacter species

• Auteur / Autrice : Valérie Puzos-Barbe
• Direction : Jean Weissenbach
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie cellulaire et moléculaire
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Evry-Val d'Essonne

Mots clés

Mots clés contrôlés

Acinetobacter

Génome

Biologie moléculaire

Résumé

Bien que la production de données de séquences augmente exponentiellement, des difficultés résident encore dans l’assemblage et la finition de génomes complets. La première partie de cette thèse est consacrée à la présentation de solutions techniques pour s’affranchir de ces principales difficultés. Une deuxième partie est consacrée à l’analyse comparative de trois génomes du genre Acinetobacter. L’analyse du génome de A. Baylyi ADP1, une bactérie du sol, a mis en évidence un archipel d’îlots cataboliques. Le génome de la souche A. Baumannii SDF, isolée dans l’intestin du pou, semble être soumis à un processus de réduction. L’étude du génome de A. Baumannii AYE, un agent responsable d’infections nosocomiales, a révélé la présence d’îlots cataboliques initialement caractérisés dans la souche ADP1. De plus, un nombre important de gènes spécifiques est impliqué dans la résistance aux antibiotiques, la formation de biofilms ou encore l’acquisition du fer.

Although the production of sequence data has increased exponentially, there are still problems in the assembly and finishing of complete genomes. The first part of this thesis is a presentation of the technical solutions to address these main problems. A second section describes the comparative analysis of three genomes of the Acinetobacter genus. The genome analysis of A. Baylyi ADP1, a soil bacterium, has revealed an archipelago of catabolic islands. The genome of A. Baumannii SDF which was isolated from human body lice seems to have been subjected to a reduction process. The genome study of A. Baumannii AYE, a nosocomial infection agent, revealed the presence of catabolic islands which were previously described in strain ADP1. Furthermore, an amount of specific genes is involved in antibiotic resistance, biofilm formation and iron uptake.