La plateforme microscope pour l'annotation de génomes microbiens : application à l'analyse de trois bactéries du genre acinetobacter

par David Vallenet

Thèse de doctorat en Bio-informatique

Sous la direction de Claudine Médigue.

Soutenue en 2007

à Evry-Val d'Essonne .


  • Résumé

    La plateforme MicroScope d’analyse de génomes microbiens comporte un ‘pipeline’ d’annotation, une base de données et une interface graphique nommée MaGe. Dans cette démarche intégrative, l’expertise humaine prend une place importante et est facilitée par l’utilisation de méthodes de contexte de gènes et de reconstruction de processus. Parmi les projets traités, une comparaison de trois bactéries du genre Acinetobacter a été entreprise. L’analyse du génome de A. Baylyi ADP1, une bactérie du sol, a mis en évidence un archipel d’îlots cataboliques. Le génome de A. Baumannii SDF, isolée dans l’intestin du pou, semble être soumis à un processus de réduction. L’étude du génome de A. Baumannii AYE, un agent responsable d’infections nosocomiales, a révélé la présence d’îlots cataboliques initialement caractérisés dans la souche ADP1. De plus, un nombre important de gènes spécifiques est impliqué dans la résistance aux antibiotiques, la formation de biofilms ou encore l’acquisition du fer.

  • Titre traduit

    MicroScope, a microbial genome annotation platform. Towards the analysis of three Acinetobacter bacteria.


  • Résumé

    MicroScope is a microbial genome annotation platform based on an annotation pipeline, a relational database and a graphical interface called MaGe. In this integrative approach, the human expertise takes an important place and is supported by the use of gene context and biological process reconstruction methods. Among projects, a comparative study of three Acinetobacter bacteria was undertaken. The genome analysis of A. Baylyi ADP1, a soil bacterium, revealed an archipelago of catabolic islands. The genome of A. Baumannii SDF which was isolated from human body lice seems to have been subjected to a reduction process. The genome study of A. Baumannii AYE, a nosocomial infection agent, revealed the presence of catabolic islands which were previously described in strain ADP1. Furthermore, an amount of specific genes is involved in antibiotic resistance, biofilm formation and iron uptake.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (113 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 105-109

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  • Cote : 2007EVRY0002
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