De l'identification des séquences anciennes à leur utilisation : études paléogénétiques des ours bruns et des retrovirus simiens

From the ancient DNA sequences identification to their use : paleogenetic studies of brown bears and simian retroviruses

• Auteur / Autrice : Sébastien Calvignac
• Direction : Catherine Hänni
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Science de la vie
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : École normale supérieure (Lyon ; 1987-2009)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Ours brun

ADN fossile

Phylogéographie

Variation génétique

Évolution moléculaire

Paléogénétique

Mots clés libres

Rétrovirus

ADN mitochondrial

ADN proviral

Résumé

Depuis l'intervention de la PC, les fossiles sont devenus un sujet d'étude de la biologie moléculaire. Suivant une méthodologie rigoureuse, le paléogénéticien peut en effet déterminer les séquences des rares fragments d'ADN parfois présents dans les restes anciens. Ces séquences anciennes nous renseignent notamment sur la diversité passée des espèces. Nous nous sommes ainsi intéressés à deux populations disparues d'ours bruns (Ursus arctos), ours de l'Atlas et l'ours de Syrie. Nos analyses indiquent que leurs extinctions à l'époque historique correspondent en fait à une diminution sévère de la diversité génétique de l'espèce , ce qui amène reconsidérer son histoire évolutive. De manière plus inattendue, les séquences anciennes pourraient aussi devenir un outil de la veille anti-rétrovirale. Nous démontrons ici que des os de singes africains (Chlorocebus aethiops) du début du XXème siècle permettent l'amplification d'ADN proviral, ouvrant de nouvelles perspectives à la rétrovirologie

Since PCR was invented, fossils have become a subjet of study for molecular biologists. Following a scrupulous methodology, the paleogeneticist can indeed determine the sequences of the rare DNA fragments sometimes still preserved in bones. These sequences notably give us information about the past genetic diversity of species. In the manuscript, we focused on two extinct populations of the brown bear (Ursus arctos) : the Atlas brown bear and the Syrian brown bear. Our analyses indicate that their extinctions during the historical period in fact stand for a severe reduction of the mitochondrial genetic diversity of the species, thus leading to a reassessment of its evolutionary history. In a unexpected fashion, ancient sequences could also become a useful tool in the fight against retroviruses. We show here that bones of early XXth century African monkeys (Chlorocebus aethiops) allow the PCR amplification of proviral DNA, opening new perspectives to retrovirology