Caractérisation des communautés procaryotiques impliquées dans la bioremédiation d'un sol pollué par des hydrocarbures et développement d'outils d'analyse à haut débit : les biopuces ADN

par Cécile Militon

Thèse de doctorat en Génomique et écologie microbienne

Sous la direction de Pierre Peyret.

Soutenue en 2007

à Clermont-Ferrand 2 .

mots clés

• Procaryotes
• Biotechnologie appliquée à l'environnement
• Sols -- Pollution par les hydrocarbures
• Hydrocarbures
• Biopuces
• Biodégradation
• Diversité bactérienne
• Génomique
• Écologie microbienne
• Composés aliphatiques

Résumé

La bioremédiation est une réelle alternative aux techniques invasives de réhabilitation des sols pollués par des hydrocarbures. Cependant, la mise en place et l'optimisation de tels procédés nécessitent une meilleure connaissance des communautés microbiennes impliquées dans la biodégradation de ces polluants. Ainsi, nous avons étudié la structure et la dynamique des communautés bactériennes au cours d'un procédé de biostimulation d'un sol pollué aux hydrocarbures aliphatiques. Outre la caractérisation d' un core set bactérien présent tout au long du procédé, cette étude nous a permis d'identifier des phylotypes potentiellement impliqués dans la biodégradation de ces polluants. Enfin nous nous sommes attachés à mettre au point des outils moléculaires à haut débit, afin d'étudier plus globalement ces communautés environnementales, et ce par le développement d'un logiciel de sélection de sondes sensibles, spécifiques et exploratoires pour biopuces phylogénétiques (PhylArray)

Titre traduit

Characterization of the prokaryotic communities implied in the hydrocarbon-polluted soil bioremediation and development of high-throughput analyze tools : the DNA microarrays

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