Développement d'outils de résolution de structure à haut débit

par Jean-Baptiste Claude

Thèse de doctorat en Bioinformatique. Biologie structurale et génomique

Sous la direction de Chantal Abergel.


  • Résumé

    La résolution de structures des protéines par cristallographie aux rayons X connaît une croissance fulgurante avec le lancement des grands projets de génomique structurale. Dans un premier temps, nous avons résolu à 2 Ǻ la structure de la protéine yhbO d'Escherichia coli , dans le cadre d'un projet de génomique structurale, le projet ASG. L'étude structurale et bioinformatique d'yhbO permet de mieux comprendre sa place au sein de la vaste famille DJ-1/ThiJ/PfpI, et plus largement au sein de la superfamille des glutamines amidotransférases. La protéine yhbO est probablement une protéase à cystéine, comme la protéine PfpI de Pyrococcus horikoshii, son plus proche homologue structural. Dans un second temps, nous avons mis en place et développé CaspR, un serveur qui propose de résoudre les structures cristallographiques par la méthode du remplacement moléculaire. CaspR est capable de tester un très grand nombre de structures de façon entièrement automatique. En utilisant la modélisation par homologie, il est possible de générer une grande variété de modèles, qui sont automatiquement testés en remplacement moléculaire et en affinement. La génération de modèles multiples associée à des troncations choisies permet de résoudre des structures, même avec des homologues lointains (entre 20% et 35% d'identité de séquence).

  • Titre traduit

    Tools creation for high throughput structure solving


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Informations

  • Détails : 1 vol. (137 f.)
  • Annexes : Bibliogr. : f.122-136

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Aix-Marseille (Marseille. Luminy). Service commun de la documentation. Bibliothèque de sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 46089
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