Etude de bactéries difficilement cultivables ou intracellulaires strictes par la technologie des puces à ADN

par My Van La

Thèse de doctorat en Pathologie humaine. Maladies transmissibles et pathologies tropicales

Sous la direction de Patricia Renesto.


  • Résumé

    L’objectif du cette thèse a été d’enrichir nos connaissances sur des bactéries difficilement cultivables ou intracellulaires strictes en utilisant la technologie des puces à ADN. Deux modèles expérimentaux ont fait l’objet de nos recherches, Tropheryma whipplei, agent de la maladie Whipple, et Rickettsia conorii, agent de la fièvre boutonneuse méditerranéenne. L’analyse génomique comparative de 16 isolats cliniques de T. Whipplei provenant de diverses sources géographiques et biologiques, nous a permis de mettre en évidence une très forte conservation entre les différents génomes. Les modifications de la régulation des gènes de la souche Twist en réponse à une exposition à la doxycycline ont également été étudiées. Les résultats obtenus ont été cohérents avec le mode d’action attendu d’un inhibiteur de la traduction. En outre, ce travail nous a servi de support pour développer une technique d’amplification de l’ARN procaryote permettant l’analyse du transcriptome par puces à ADN à partir d’une quantité réduite d’ARN bactérien. En ce qui concerne R. Conorii, et compte tenu de résultats préliminaires très intéressants et prometteurs obtenus par RT-PCR, nous avons tenté d’analyser, de manière globale, le transcriptome de cette bactérie intracellulaire stricte soumise à un stress nutritif. Nous avons utilisé une puce à ADN comportant un nombre limité de cibles, ce qui ne permet pas d’avoir une vision complète des modifications transcriptionnelles mais certains points, tels que l’augmentation de gènes codant pour l’appareil de sécrétion de type IV ont été mis en évidence. Il faut toutefois souligner que cette approche, qui n’avait jamais été décrite au préalable pour les rickettsies, et qui a été rendue possible grâce à une étape d’élimination des ARN eucaryotes par hybridation soustractive, ouvre de larges perspectives de recherche. Globalement, les données que nous avons obtenues confirment le fait que les puces à ADN sont un outil très prometteur pour l’étude des bactéries difficilement cultivables ou intracellulaires strictes malgré un certain nombre de limitations expérimentales que nous avons en partie surmontées.

  • Titre traduit

    Study of fastidious or obligate intracellular bacteria using the DNA microarray technology


  • Résumé

    This thesis was aimed to enrich the knowledge about fastidious and obligate intracellular bacteria using the DNA microarray technology. Two experimental models were used in this work, namely Tropheryma whipplei, the agent of the Whipple’s disease, and Rickettsia conorii, the agent of the Mediterranean Spotted Fever. The comparative analysis of 16 clinical isolates of T. Whipplei originating from various geographical and biological sources revealed a strong rate of conservation through their genomes. The regulation of T. Whipplei Twist strain in response to doxycycline was also investigated. The results obtained were consistent with the mode of action of this translation inhibitor. Moreover, this work has been used as a support to develop a technique of amplification of the prokaryotic RNA thus allowing the transcriptome analysis by microarrays starting from a small amount of RNA. Concerning R. Conorii, preliminary and highly interesting results obtained by RT-PCR assays, led us to analyze the whole transcriptome of this bacteria exposed to a nutrient stress. To assess both the feasibility and the accuracy of such an approach, a specific DNA microarray composed with a limited number of targets was developed. Despite the lack of a global view of the transcriptional changes, some conclusions have been evidenced from our results, including the up-regulation of several genes encoding for the type IV secretion system proteins. This is the first analysis of rickettsial transcriptome by microarrays. Such an approach, which was made possible by using an experimental strategy based on the substractive hybridization of eukaryotic RNA has a great prospect for the future investigations. In summary, our data confirmed that, despite some limitations in part circumvented in this work, DNA microarrays are powerful tools for the study of fastidious and obligate intracellular bacteria.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (229 p.)
  • Annexes : Bibliogr., 39 réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université d'Aix-Marseille (Marseille. Timone). Service commun de la documentation. Bibliothèque de médecine - odontologie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : T2007/AIX2/0684Ubis
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