Développement d’outils bioinformatiques et statistiques pour l’analyse du transcriptome hépatique humain par puces à ADN : Application à la réponse inflammatoire aiguë systémique

par Grégory Lefebvre

Thèse de doctorat en Biologie moléculaire

Sous la direction de Jean-Philippe Salier.

Soutenue en 2006

à Rouen .


  • Résumé

    La phase aiguë de l’inflammation systémique est une période de transition subséquente au trauma, coordonnée par des médiateurs tels que les cytokines. Ces dernières ciblent majoritairement le foie, lequel régule alors principalement la production des APPs et des APRIPs. Ce travail montre d’abord la création d’une plate-forme à puces ADN dédiée à l’étude du transcriptome hépatique humain et fondée d’une part sur le développement de la puce elle-même par la désignation des sondes ADNc qui la définissent, d’autre part sur la création d’une base de données standardisée et également sur l’écriture de programmes d’analyse statistique. Il montre enfin comment cette plate-forme a permis de mettre en évidence d’une part une corrélation entre 134 transcripts et le degré de l’inflammation et d’autre part une liste de gènes répartis en 12 groupes fonctionnels subissant une altération de leur transcription, de leur stabilité post-transcritionnelle et de leur traduction durant la phase aiguë de l’inflammation.

  • Titre traduit

    Bioinformatical and statistical tool development for the human hepatic transcriptome analysis using microarrays : application to the systemic acute information


  • Résumé

    The inflammation acute phase is a transitional period that follows the trauma, predominantly coordinated by mediators such as cytokines. The latter mainly targets the liver which then regulates among others APP and APRIPs production. This work initially shows the creation of a microarray platform dedicated to human hepatic transcriptome analysis and founded on the one hand on the development of the microarray itself by indicating cDNA probes which define it, on the other hand on the creation of a standardized database and also by the writing of statistical analysis software. It shows finally how this platform allowed to highlight on the one hand a correlation between both 134 transcripts and inflammation degree and on the other hand a list of genes clustered in 12 functional groups undergoing modifications of their transcription, their post-transcriptional stability and their translation during the inflammation acute phase.

Autre version

Cette thèse a donné lieu à une publication en 2007 par [CCSD] à Villeurbanne

Développement d’outils bioinformatiques et statistiques pour l’analyse du transcriptome hépatique humain par puces à ADN : Application à la réponse inflammatoire aiguë systémique

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Informations

  • Détails : 181p.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr.247 réf

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  • Cote : 06/ROUE/S022(c)

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  • Cote : 2006ROUES022
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