Identification d'ARN régulateurs bactériens : approches Bioinformatiques et Expérimentales : applications aux génomes de Staphylococcus aureus et d'Escherichia coli

par Christophe Pichon

Thèse de doctorat en Biologie. Bioinformatique

Sous la direction de Brice Felden.

Soutenue en 2006

à Rennes 1 .


  • Résumé

    Les ARN régulateurs permettent aux bactéries de moduler l'expression de gènes cibles au niveau post-transcriptionnel afin de s'adapter aux variations de leur environnement. L'objectif de ce travail de thèse est de mettre au point un logiciel (Intergenic Sequence Inspector, ISI) capable de prédire l'existence d'ARN régulateurs dans un génome bactérien. ISI a été employé pour analyser le génome d'Escherichia coli puis l'étude de son transcriptome, nous permet d'identifier 78 ARN régulateurs connus et 29 candidats putatifs ce qui démontre l'efficacité d'ISI. Le génome de la bactérie Staphylococcus aureus est analysé de la même manière, nous conduisant à l'identification et à la vérification expérimentale d'au moins douze ARN régulateurs exprimés in vivo dont sept localisés dans les îlots de pathogénicités. Notre étude montre qu'il existe des variations significative d'expression de ces ARN régulateurs en fonction des souches étudiées suggérant leur implication dans la régulation de la virulence bactérienne.

  • Titre traduit

    Identification of bacterial regulatory RNAs : bioinformatics and experimental approaches : application to Staphylcoccus aureus and Escherichia coli genomes


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Informations

  • Détails : 1 vol. (153 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 133-147

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Rennes I. Service commun de la documentation. Section sciences et philosophie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA RENNES 2006/33
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