Etude par RMN et modélisation moléculaire de la structure d'une tige-boucle d'ARNm, cible préférentielle d'oligonucléotide antisens

par Flore Joli

Thèse de doctorat en Biologie moléculaire

Sous la direction de Édith Hantz.

Soutenue en 2006

à Paris 13 .

mots clés

• ARN antisens
• Résonance magnétique nucléaire
• Oligonucléotides
• Biologie -- Dynamique moléculaire

Résumé

Une cible d'oligonucléotides antisens, visant la région +1 de l'ARNm du gène PGY/MDR1 codant pour la P-gp, est constituée par une tige contenant une paire G. U et une hexaboucle riche en purine. Nous avons étudié par RMN et modélisation moléculaire ce 18 mère en portant notre attention sur les conformations des sucres et des angles du groupement phosphate. La tige est proche d'une double hélice forme A, et ce, malgré la présence du mésappariement G. U. La paire G. U, de type wobble, privilégie les interactions avec un cation. La partie supérieure de la tige est soumise à des distorsions optimisées par des interactions avec le début de la boucle. La boucle adopte un nouveau type de repliement et présente une surface accessible permettant la formation de liaisons hydrogènes lors de la reconnaissance avec un oligonucléotide. Ce travail souligne les aspects expliquant la structure bien ordonnée et montre comment ils pourraient faciliter l'interaction avec des oligonucléotides antisens.

Titre traduit

NMR and molecular modelling structural studies of an mRNA hairpin, a preferential target of antisense oligonucleotides

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