Étude phylogénétique des Pseudomonas sensu lato par séquençage du gène rpoB

par Lineda Ait Tayeb

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Francine Grimont.


  • Résumé

    Phylogenetic relationships within the genus Pseudomonas were examined by sequencing the rpoB gene. The phylogenetic resolution of the rpoB tree was three times higher than that of the rrs tree. Ribogroups and DNA-DNA hybridization published earlier were correlated well with rpoB sequence clusters of Pseudomonas species and P. Syringae complex (pathovars). The rpoB sequence database generated by this study was used for identification. Phylogenies deduced from sequencing rpoB, gyrB and rrs were compared for the Burkholderia, Comamonadaceae, Brevundimonas and related species. One gene can be used for identification but not in phylogeny.


  • Résumé

    Le séquençage du gène rpoB apporte une résolution taxonomique trois fois plus élevée que celle donnée par le gène rrs codant l'ARNr 16S. L'application aux Pseudomonas rend plus facile l'identification des espèces. Une bonne corrélation a été obtenue entre les séquences rpoB et les hybridations ADN-ADN ainsi qu'avec la ribotypie, pour toutes les espèces de Pseudomonas et le complexe syringae (pathovars). La base de données obtenue est utilisée en identification. Le travail a été étendu aux Burkholderia, Comamonadaceae, Brevundimonas et bactéries apparentées en séquencant les gènes rpoB, gyrB et rrs. Un seul gène est utilisable en identification mais non en phylogénie.

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